Впч днк а9: Типы ВПЧ: симптомы, диагностика и лечение.

Сдать анализы – Human Papillomavirus, ДНК количественно [реал-тайм ПЦР]

Молекулярно-генетическое исследование, в ходе которого выявляется ДНК вируса папилломы человека и количественно определяется вирусная нагрузка в материале.

Определяется количество только ВПЧ высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типы) – без указания типа.

Услуги по взятию (сбору) биоматериала
  • Мазок урогенитальный 
  • Ректальный мазок 
  • Мазок урогенитальный (с секретом простаты) 
Срок выполнения

2 суток

Синонимы русские

Вирус папилломы человека (ВПЧ), папиллома-вирус человека.

Синонимы английские

Human Papillomavirus, DNA, Quantitative; HPV, Viral Load.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Мазок урогенитальный (с секретом предстательной железы), ректальный мазок.

Как правильно подготовиться к исследованию?
  • Женщинам рекомендуется сдавать урогенитальный мазок или мочу до менструации или через 2 дня после ее окончания.
  • Мужчинам не следует мочиться в течение 3 часов до сдачи урогенитального мазка или мочи.
Общая информация об исследовании

Вирус папилломы человека – ДНК-содержащий вирус из семейства паповавирусов, ассоциированный с развитием кондилом, бородавок, предраковых изменений аногенитальной области, рака шейки матки. Существует более 100 типов ВПЧ, более 30 из них могут инфицировать половые пути, и около 14 генотипов связаны с развитием рака шейки матки, прямой кишки, полового члена и новообразований некоторых других локализаций (например, орофарингеальной карциномы).

Онкогенные папиллома-вирусы имеют в составе ДНК белки Е6/Е7, которые способны подавлять процессы апоптоза (запрограммированной гибели) в клетках с измененным генетическим материалом. Генотипы 1, 2, 3, 5 считаются неонкогенными, а генотипы 6, 11, 42, 43, 44 относятся к папиллома-вирусам низкого онкогенного риска. К ВПЧ высокого онкогенного риска относятся генотипы 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 и 68.

Основной путь распространения инфекции – половой, включая орально-генитальные и анальные контакты, также возможна вертикальная (от матери ребенку) и контактно-бытовая передача инфекции. В организм человека может попасть несколько типов ВПЧ одновременно. Заражение обычно происходит после начала половой жизни в возрасте 16-25 лет. При инфицировании онкогенными генотипами вируса между 25 и 35 годами вероятны интраэпителиальные поражения и, как следствие, через несколько лет рак. В 70 % случаев в течение первого года и в 90 % случаев через 2 года после инфицирования возможно самоизлечение.

Рак шейки матки (РШМ) по распространенности занимает 3-е место среди всех злокачественных опухолей у женщин (после рака молочной железы и рака толстой кишки). Частота инвазивного рака шейки матки в мире составляет 15-25 на 100 000 женщин. Новообразования шейки матки возникают в основном у женщин среднего возраста (35-55 лет), редко диагностируются у женщин моложе 20 лет и в 20 % случаев выявляются в возрасте старше 65 лет. 5-летняя выживаемость при локализованном (местном, in situ) раке шейки матки равна 88 %, в то время как выживаемость при распространенном раке не превышает 13 %. Кроме инфицирования онкогенными генотипами ВПЧ, риск развития рака шейки матки повышают курение, хламидийная или герпетическая инфекция, хронические воспалительные гинекологические заболевания, длительное применение противозачаточных препаратов, множественные роды, случаи рака шейки матки в семье, раннее начало половой жизни, частая смена половых партнеров, недостаточное поступление с пищей витаминов А и С, иммунодефициты и ВИЧ-инфекция. Несмотря на то что вирус папилломы человека не всегда приводит к новообразованиям, более 93 % случаев рака шейки матки ассоциированы с ним.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) с высокой чувствительностью и специфичностью выявляет ДНК вируса папилломы человека (ВПЧ) в более чем 90 % случаев рака и 75-85 % интраэпителиальной неоплазии с выраженной дисплазией. По данным исследований, количественное содержание вируса в материале коррелирует со степенью неоплазии: чем выше вирусная нагрузка, тем выраженнее цитологические изменения в эпителии. При обследовании необходимо учитывать генотип вируса, наличие и степень цитологических и гистологических изменений в тканях, увеличение или снижение вирусной нагрузки через несколько месяцев (6 месяцев и более) после предыдущего обследования.

Для чего используется исследование?
  • Чтобы оценить риск развития новообразований, ассоциированных с ВПЧ (рак шейки матки, рак прямой кишки, рак аногенитальной области и других локализаций).
  • Для контроля за эффективностью лечения предраковых заболеваний, ассоциированных с ВПЧ.
  • Для мониторинга папиллома-вирусной инфекции и прогнозирования ее течения.
Когда назначается исследование?
  • При выявлении цитологических изменений в мазке на атипию, в мазке по Папаниколау, в гистологическом препарате.
  • При кондиломах и других морфологических изменениях половых путей.
  • При скрининге рака шейки матки у женщин старше 25-30 лет (в качестве дополнительного исследования).
  • При наблюдении за инфицированными ВПЧ.
  • При лечении рака и предраковых состояний, ассоциированных с ВПЧ.
Что означают результаты?

Референсные значения

Компонент

Референсные значения

ДНК ВПЧ А9 (16,31,33,35,52,58), lg

Не обнаружено

ДНК ВПЧ А7 (18,39,45,59), lg

Не обнаружено

ДНК ВПЧ А5/А6 (51,56), lg

Не обнаружено

 

Уровень вирусной нагрузки интерпретируется с учетом результатов цитологического исследования мазков, гистологических изменений в биоптате и генотипа вируса, изменении его количества с течением времени.

Количество ДНК ВПЧ не определяется при отсутствии вируса в исследуемом образце или его минимальном количестве (ниже детектируемого уровня) – риск развития патологического процесса, связанного с ВПЧ, минимальный.

Клинически малозначимая концентрация вируса (менее 103 копий ДНК ВПЧ на 105 клеток) – минимальный риск развития дисплазии, транзиторное течение вирусного процесса.

Клинически значимая концентрация вируса (более 103 копий ДНК ВПЧ на 105 клеток) – хроническая инфекция с высоким риском развития дисплазии и РШМ.

Более 105 копий ДНК ВПЧ на 105 клеток при установленном факте персистентного течения инфекции (ВПЧ выявляется более 1 года) – усиленная вирусная нагрузка, ассоциированная с повышенным риском тяжелой дисплазии, часто встречается при РШМ.

Снижение вирусной нагрузки в 10 раз за 6 месяцев – транзиторная инфекция.

Рост вирусной нагрузки через 6 и более месяцев после лечения указывает на возможность рецидива.

Что может влиять на результат?

Недостоверный результат может быть получен при:

  • неправильном взятии и хранении материала;
  • загрязнении исследуемого материала.
Важные замечания
  • Инфицирование ВПЧ не всегда приводит к раку шейки матки.
  • Возможно одновременное заражение несколькими генотипами ВПЧ.
  • Результат анализа должен интерпретироваться с учетом заключений цитологического и гистологического исследований.
Также рекомендуется
  • Human Papillomavirus 16/18 (HPV 16/18), ДНК [реал-тайм ПЦР]
  • Human Papillomavirus 6/11 (HPV 6/11), ДНК [реал-тайм ПЦР]
  • Human Papillomavirus высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типы), ДНК без определения типа [ПЦР]
  • Human Papillomavirus высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типы), ДНК генотипирование [реал-тайм ПЦР]
  • Цитологическое исследование мазков (соскобов) с поверхности шейки матки (наружного маточного зева) и цервикального канала – окрашивание по Папаниколау (Рар-тест)
  • Цитологическое исследование мазков (соскобов) с поверхности шейки матки (наружного маточного зева) и цервикального канала на атипию
  • Антиген плоскоклеточной карциномы (SCCA)
Кто назначает исследование?

Гинеколог, онколог.

Тип биоматериала и способы взятия

Тип

На дому

В Центре

Самостоятельно

Мазок урогенитальный

 

да

 

Мазок урогенитальный (с секретом предстательной железы)

 

да

 

Ректальный мазок

да

да

 

На дому: возможно взятие биоматериала сотрудником мобильной службы.

В Диагностическом центре: взятие, либо самостоятельный сбор биоматериала осуществляется в Диагностическом центре.

Самостоятельно: сбор биоматериала осуществляется самим пациентом (моча, кал, мокрота и т.п.). Другой вариант – образцы биоматериала предоставляет пациенту врач (например, операционный материал, ликвор, биоптаты и т.п.). После получения образцов пациент может как самостоятельно доставить их в Диагностический центр, так и вызвать мобильную службу на дом для передачи их в лабораторию.

Литература
  • Arbyn M. et al. (2010). “European Guidelines for Quality Assurance in Cervical Cancer Screening. Second Edition–Summary Document”. Annals of Oncology 21 (3): 448–458.
  • Hsiu-Ting Tsai, Ching-Hu Wu, Hsiao-Ling Lai, et al. Association between Quantitative High-Risk Human Papillomavirus DNA Load and Cervical Intraepithelial Neoplasm Risk Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2005;14:2544-2549.
  • Saslow D, Solomon D, Lawson HW, et al. American Cancer Society, American Society for Colposcopy and Cervical Pathology, and American Society for Clinical Pathology Screening Guidelines for the Prevention and Early Detection of Cervical Cancer. Am J Clin Pathol. 2012;137:516-542.
  • “Genital HPV Infection – CDC Fact Sheet”. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). April 10, 2008. Retrieved 13 November 2009.
  • Материалы и рекомендации Противоракового Общества России. Режим доступа: http://www.pror.ru/

Human papillomavirus (HPV, папилломавирус человека) 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типа, ДНК (ПЦР), количественный, кровь, мазок

Подготовка к исследованию: Мужчинам рекомендуется воздерживаться от мочеиспускания за 1.5-2 часа до забора материала Исследуемый материал: Смотрите в описании

Папилломавирус человека (Human Papillomavirus, HPV, ВПЧ) – ДНК содержащий вирус, проявляющий тропность к эпителию – весь жизненный цикл вируса происходит в эпителиальной ткани. Папилломавирус отличает высокая распространенность – около 80% населения инфицировано ВПЧ.

Известно более 100 типов Human Papillomavirus, причем разные типы вируса специфичны к определенным тканям.

Типы Human Papillomavirus подразделяются на 3 группы:

  • Неонкогенные, вызывающие вульгарные и подошвенные бородавки – типы 1,2,3,5
  • Низкой онкогенности, причина образования папиллом, кондилом, генитальных кондилом – типы 6,11,42,43,44
  • Высокой онкогенности, провоцирующие предраковые состояния и рак шейки матки – типы 16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59 и 68

У 99,7% женщин, пораженных раком шейки матки, диагностирован ВПЧ высокой онкогенности. Наиболее агрессивные типы – 16 и 18 – причина 70% случаев рака шейки матки. Некоторые типы ВПЧ провоцируют развитие рака горла, рака прямой кишки, рака полового члена.

Путь передачи ВПЧ зависит от типа вируса – неонкогенные типы передаются воздушно-капельным путем. Папилломавирус низкой и высокой онкогенности – одна из наиболее распространенных инфекций, передающихся половым путем.

Длительность инкубационного периода при инфицировании типами Human Papillomavirus высокого канцерогенного риска может составлять от одного года до десяти и более лет. В среднем промежуток между заражением онкогенным Human Papillomavirus и раком шейки матки составляет 20 лет.

Лечение папилломавирусной инфекции симптоматическое и направлено на борьбу с клиническими проявлениями. У 80% зараженных женщин в возрасте до 25 лет вирус элиминируется самостоятельно.

Высококанцерогенные типы Human Papillomavirus разделены на четыре филогенетические группы в зависимости от степени онкогенности и способности к персистенции, т.е. выживаемости – А5, А6, А7 и А9. Типы Human Papillomavirus 16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59 относятся к группам А7 и А9, кроме ВПЧ 51 – группа А5 и ВПЧ 56 – группа А6.

Данный анализ позволяет обнаружить и определить число копий вирусной ДНК Human Papillomavirus высококанцерогенных типов. Анализ позволяет оценить риск развития предраковых состояний, рака шейки матки и других заболеваний, ассоциированных с папилломавирусом высокого онкогенного риска.

Метод ПЦР – полимеразная цепная реакция, позволяющая идентифицировать наличие в биологическом материале искомый участок генетического материала.
Подробнее о методе ПЦР – его разновидностях, преимуществах и области применения в медицинской диагностике.

Анализ на ВПЧ – количественным методом Real Time ПЦР

Общая характеристика

Метод ПЦР (полимеразная цепная реакция) Real-Time позволяет осуществлять количественную оценку содержания ДНК в исследуемом материале, что является наиболее актуальным для микроорганизмов, которые в норме могут присутствовать в небольших количествах и в некоторых случаях, их обнаружение, без количественной оценки, может не иметь диагностического значения.
Точное определение их количества в некоторых случаях позволяет избежать неверной постановки диагноза и неоправданного лечения.
Диагностика ВПЧ основывается на клинических проявлениях, но следует помнить, что появление кондилом вызывают типы низкого онкогенного риска и существуют типы высокого онкогенного риска (ВПЧ 16, 18, 31 и 45), которые увеличивают риск предраковых заболеваний и рака половых органов (рак шейки матки).
Количественная ПЦР определяет количество вируса на момент обследования и помогает врачу выбрать правильную тактику ведения пациентки.
Высокая вирусная нагрузка рассматривается как один из факторов, снижающих спонтанную элиминацию вируса и увеличивающих риск развития неоплазии, поэтому широкое распространение получили количественные тесты по определению клинически значимых типов ВПЧ.

Показания для назначения

1. В комплексе с цитологическим исследованием (PAP-тест) в целях диагностики предраковых и раковых изменений шейки матки.
2. Скрининговые обследования женщин старше 30 лет (при отрицательном результате повторяют с интервалом в 3 года).
3. Контроль эффективности проведенной терапии.

Маркер

Маркер наличия возбудителя ВПЧ в в исследуемом биоматериале.

Клиническая значимость

Скрининговый тест для диагностики предраковых состояний и рака шейки матки.


Состав показателей:

Группа ВПЧ А7 (18,39,45,59)
Диапазон измерений: 0-0
Единица измерения: lg геномных эквивалентов/образец

Референтные значения:

Возраст

Комментарии

Контроль забора материала
Диапазон измерений: 0-0
Единица измерения: Клеток

Референтные значения:

Возраст

Комментарии

Группа ВПЧ А9 (16,31,33,35,52,58)
Диапазон измерений: 0-0
Единица измерения: lg геномных эквивалентов/образец

Референтные значения:

Возраст

Комментарии

Группа ВПЧ А5/А6 (51,56)
Диапазон измерений: 0-0
Единица измерения: lg геномных эквивалентов/образец

Референтные значения:

Возраст

Комментарии

Выполнение возможно на биоматериалах:

Биологический материал

Условия доставки

Контейнер

Объем

соскоб из ЦК, шейки матки, зоны поражения

Условия доставки:

48 час. при температуре от 2 до 25 градусов Цельсия

Контейнер:

Эппендорф с транспортной средой

Объем:

1.5 Миллилитров

Правила подготовки пациента

Стандартные условия подготовки (если иное не определено врачом): Воздерживаться от половых контактов 48 часов. Прекратить прием интравагинальных средств различного назначения (суппозитории, спермициды, спринцевания, тампоны, местные процедуры и др.). За 2 часа Воздерживаться от мочеиспускания. Важно: Сдавать до лечения или через 21 день после окончания антибактериальной, антимикотической терапии (если иное не определено врачом).

Важно: Сдавать до лечения или через 21 день после окончания антибактериальной, антимикотической терапии (если иное не определено врачом).

Вы можете добавить данное исследование в корзину на этой странице

Интерференция:

  • Не обнаружена.
  • Не обнаружена.

Интерпретация:

  • Положительно: присутствие вируса папилломы соответствующей группы генотипов в образцах эпителия. Требуется консультация специалиста для решения вопроса о дальнейшем обследовании или лечении.
  • Отрицательно: ДНК вируса папилломы, связанного с риском развития рака шейки матки, не выявлено.

Количественная оценка ДНК вирусов папилломы человека высокого канцерогенного риска и герпесвирусов человека у мужчин при нарушении фертильности | Евдокимов

1. Gimenes F., Souza R.P., Bento J.C., Teixeira J.J., Maria-Engler S.S., Bonini M.G. at al. Male infertility: a public health issue caused by sexually transmitted pathogens. Nat. Rev. Urol. 2014; 11 (12): 672–87.

2. Dawson C., Whitfield H. Subfertility and male sexual dysfunction. BMJ. 1996; 312 (7035): 902–5.

3. El Borai N., Inoue M., Lefevre C., Naumova E.N., Sato B., Yamamura M. Detection of herpes simplex virus DNA in semen and menstrual blood of individuals attending an infertility clinic. J. Obstet. Gynaecol. Res. 1997; 23 (1): 17–24.

4. Kapranos N., Petrakou E., Anastasiadou C., Kotronias D. Detection of herpes simplex virus, cytomegalovirus, and Epstein-Barr virus in the semen of men attending an infertility clinic. Fertil. Steril. 2003; 79 (Suppl. 3): 1566–70.

5. Garolla A., Pizzol D., Bertoldo A., De Toni L., Barzon L., Foresta C. Association, prevalence, and clearance of human papillomavirus and antisperm antibodies in infected semen samples from infertile patients. Fertil. Steril. 2013; 99 (1): 125–31.

6. Schillaci R., Capra G., Bellavia C., Ruvolo G., Scazzone C., Venezia R. et al. Detection of oncogenic human papillomavirus genotypes on spermatozoa from male partners of infertile couples. Fertil. Steril. 2013; 100 (5): 1236–40.

7. Кущ А.А., Науменко В.А., Климова P.P., Тюленев Ю.А., Малолина Е.А. Герпесвирусная инфекция мужских гамет и бесплодие: от экспериментальных моделей к разработке клинических рекомендаций. Вопросы вирусологии. 2013; 1: 132–44.

8. Бочарова Е.Н., Брагина Е.Н., Гусак Ю.К., Зыкова М.С., Лихаев Д.Н., Зотов В.В. и др. Спонтанное прерывание беременности, неудачи при использовании репродуктивных технологий и герпетическое инфицирование сперматозоидов. Андрология и генитальная хирургия. 2006; 1: 59–65.

9. Брагина Е.Е., Абдумаликов Р.А., Курило Л.Ф., Шилейко Л.В., Латыпова М.Ф., Дмитриев Г.А. Выявление сперматозоидов, инфицированных вирусом простого герпеса. Вестник дерматологии и венерологии. 2000; 5: 18–22.

10. Климова Р.Р., Чичев Е.В., Науменко В.А., Гаджиева З.С., Цибизов А.С., Адиева А.А. и др. Вирус простого герпеса и цитомегаловирус в эякуляте мужчин: вирус простого герпеса чаще встречается при идиопатическом бесплодии и коррелирует со снижением показателей спермы. Вопросы вирусологии. 2010; 55 (1): 27–31.

11. Kaspersen M.D., Larsen P.B., Kofod-Olsen E., Fedder J., Bonde J., Höllsberg P. Human herpesvirus-6A/B binds to spermatozoa acrosome and is the most prevalent herpesvirus in semen from sperm donors. PLoS One. 2012; 7 (11): e48810.

12. Naumenko V., Tyulenev Y., Kurilo L., Shileiko L., Sorokina T., Evdokimov V. et al. Detection and quantification of human herpes viruses types 4–6 in sperm samples of patients with fertility disorders and chronic inflammatory urogenital tract diseases. Andrology. 2014; 2 (5): 687–94.

13. Neofytou E., Sourvinos G., Asmarianaki M., Spandidos D.A., Makrigiannakis A. Prevalence of human herpes virus types 1–7 in the semen of men attending an infertility clinic and correlation with semen parameters. Fertil. Steril. 2009; 91 (6): 2487–94.

14. Ochsendorf F.R. Sexually transmitted infections: impact on male fertility. Andrologia. 2008; 40 (2): 72–5.

15. Morris B.J., Gray R.H., Castellsague X., Bosch F.X., Halperin D.T., Waskett J.H. et al. The strong protection afforded by circumcision against cancer of the penis (Invited Review). Adv. Urol. 2011; 2011: 812 368.

16. Laprise C., Trottier H., Monnier P., Coutlée F., Mayrand M.H. Prevalence of human papillomaviruses in semen: a systematic review and meta-analysis. Hum. Reprod. 2014; 29 (4): 640–65.

17. Chan S.Y., Delius H., Halpern A.L., Bernard H.U. Analysis of genomic sequences of 95 papillomavirus types: uniting typing, phylogeny, and taxonomy. J. Virol. 1995; 69 (5): 3074–83.

18. Bernard H.U., Calleja-Macias I.E., Dunn S.T. Genome variation of human papillomavirus types: Phylogenetic and medical implications. Int. J. Cancer. 2006; 118: 1071–6.

19. Medeiros L.R., Ethur A.B., Hilgert J.B., Zanini R.R., Berwanger O., Bozzetti M.C. et al. Vertical transmission on human papillomavirus: a systematic quantitative rewiew. Cad. Saude Publica. 2005; 21 (4): 1006–15.

20. Skoczynski M., Gozdzicka-Jozefiak A., Kwasniewska A. Prevalence of human papillomavirus in spontaneously aborted products of conception. Acta Obstet. Gynecol. Scand. 2011; 90 (12): 1402–5.

21. Jungwirth A., Diemer T., Dohle G.R., Giwercman A., Kopa Z., Tournaye H., Krausz C. Guidelines on Male Infertility. European Association of Urology; 2013. Available at: http://www.uroweb.org/gls/pdf/16_Male_Infertility_LR.pdf.

22. World Health Organization. WHO Laboratory manual for the examination and processing of human semen. Geneva: World Health Organization; 2010.

23. Flores-Sánchez I., Gutiérrez-Salinas J., Enriquez-Alvarado E., Hernández-Rodríguez S., Ramos-Barragán C., Salamanca-Ceciliano A. et al. Detection of human papillomavirus types 16 and 18 in semen samples from patients in an assisted reproduction program. Ginecol. Obstet. Mex. 2010; 78 (12): 645–51.

24. Hebnes J.B., Olesen T.B., Duun-Henriksen A.K., Munk C., Norrild B., Kjaer S.K. Prevalence of genital human papillomavirus among men in Europe: systematic review and meta-analysis. J. Sex Med. 2014; 11 (11): 2630–44.

25. Lenzi A., Mirone V., Gentile V., Bartoletti R., Ficarra V., Foresta C. et al. Rome Consensus Conference – statement; human papilloma virus diseases in males. BMC Public Health. 2013; 13: 117.

26. Yang Y., Jia C.W., Ma Y.M., Zhou L.Y., Wang S.Y. Correlation between HPV sperm infection and male infertility. Asian J. Androl. 2013; 15 (4): 529–32.

27. Spandorfer S.D., Bongiovanni A.M., Fasioulotis S., Rosenwaks Z., Ledger W.J., Witkin S.S. Prevalence of cervical human papillomavirus in women undergoing in vitro fertilization and association with outcome. Fertil. Steril. 2006; 86 (3): 765–7.

Вопрос номер 4428 на сайте Преображенской клиники

Спрашивает:

Анфиса, 30 лет


Вопрос:

Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться. Несколько лет подряд наблюдалась в МЦ\”Гармония\”, регулярно посещала врача, в сентябре 2009г. в том же МЦ сдавала анализы на ИПП была обнаружена только уреаплазма титр менее 10*4 КОЕ, лечения не назначали сказали малый титр лечения не требует. Уже 2 года есть постоянный партнер, связей на стороне нет. Партнер в 2011 году пролечил хламидиоз, уреаплазму, гарднереллу, но повторно не проверялся. Я сдавала анализы после обнаружения у него инфекции – результат отрицательный. В настоящее время планирую беременность и обратилась в ЖК по месту жительства, первым делом отправили на анализы и вот сюрприз: ДНК Chlamydia trachomatis, соскоб (PCR real time) – отр., ДНК HPV 1618 колич-но,соскоб (PCR real time) – отр., группа А9 (16,31,33,35,52,58), Ig (ВПЧ на 100 тыс.клеток) 5,09 группа А5(51) и А6(56), Ig (ВПЧ на 100 тыс.клеток) – отр., группа А7 (18,39,45,59), Ig (ВПЧ на 100 тыс.клеток) – отр., суммарная вирусная нагрузка, Ig (ВПЧ на 100 тыс.клеток) 5,09 ДНК Mycoplasma genitalium, соскоб (PCR real time) – отр., ДНК Mycoplasma hominis, соскоб (PCR real time) – отр., ДНК Ureaplasma spp колич-но соскоб (PCR real time) (+) пол. 3,8х10**4коп/мл Требуют ли данные инфекции лечения и могут ли повлиять на течение беременности? Что значит группа А9 (16,31,33,35,52,58)? Титр обнаруженной уреаплазмы 3,8х10**4коп/мл – большой или нет? Хочу отметить что ни выделений ни жалоб у меня нет, чувствую себя нормально – эти инфекции могут протекать бессимптомно? Заранее спасибо!\n


Отвечает:

Шостина Светлана Владимировна


Ответ:

\nЗдравствуйте, Анфиса. При хорошем самочувствии и отсутствии жалоб такой титр уреаплазмы лечения не требует. При  планировании беременности (у женщин иммунитет нарушается, уреаплазма может увеличиваться в титре, и тогда лечение потребуется) имеется 2 варианта: профилактическое лечение либо выжидательная тактика, –  решает Ваш лечащий доктор вместе с Вами (совместное решение). Уреаплазмоз может протекать бессимптомно. Что касается совокупности групп, –  это подвиды папилломавирусов, для рака шейки матки клиническое значение имеет ВПЧ 1618.


Цены на исследование инфекционных заболеваний в Челябинске

Процедура Стоимость
ВИЧ (вирус иммунодефицита человека)
Антитела к вирусу иммунодефицита человека (ВИЧ) сыворотка крови 1 день 240
Антитела к вирусу иммунодефицита человека (ВИЧ) cito сыворотка крови 3 часа 350
Антитела к вирусу иммунодефицита человека (ВИЧ) с выдачей сертификата государственного образца сыворотка крови до 3 дней 500
Сифилис
Антитела к специфичным антигенам TreponemaPallidum (суммарные IgM, IgG) сыворотка крови 2 часа 260
Вирусные гепатиты
Гепатит А
Антитела к вирусу гепатита А IgM сыворотка крови до 7 дней 280
Антитела к вирусу гепатита А IgG сыворотка крови до 7 дней 290
Гепатит В
Поверхностный антиген вируса гепатита В (HBs-АГ) сыворотка крови 1 день 250
Антитела к поверхностному антигену вируса гепатита B (анти НВS-AТ) сыворотка крови до 3 дней 340
Нве-антиген вируса гепатита В (Нве АГ) сыворотка крови до 7 дней 370
Антитела к HBe-антигену вируса гепатита В IgG (антиHBeIgG) сыворотка крови до 7 дней 450

Антитела к ядерному антигену вируса гепатита В IgM

(антиHBc IgM)

сыворотка крови до 7 дней 340

Антитела к ядерному антигену вируса гепатита В IgG

(антиHBcIgG)

сыворотка крови до 7 дней 420
Вирус гепатита В ПЦР ДНК HBV (качественный) плазма крови (ЭДТА) до 3 дней 380
Вирус гепатита В ПЦР ДНК HBV (количественный) плазма крови (ЭДТА) до 14 дней 2690
Гепатит С
Антитела к вирусу гепатита С IgM (HCVM) сыворотка крови до 7 дней 260
Антитела к структурным и неструктурным белкам вируса гепатита С (HCV-спектр) сыворотка крови 1 день 360
Антитела к вирусу гепатита С cуммарные IgM,G (HCVсумм) сыворотка крови 1 день 310
Вирус гепатита С ПЦР РНК HCV (качественный) плазма крови (ЭДТА) до 3 дней 400
Вирус гепатита С ПЦР РНК HCV (количественный) плазма крови (ЭДТА) до 14 дней 2790
Вирус гепатита С ПЦР РНК HCV (генотипирование: генотип 1,2,3) плазма крови (ЭДТА) до 7 дней 1300
Гепатит D
Вирус гепатита D ПЦР РНК HDV (качественный) плазма крови (ЭДТА) до 7 дней 630
TORCH-инфекции
Токсоплазмоз
Антитела к токсоплазме IgM сыворотка крови 2 часа 300
Антитела к токсоплазме IgG сыворотка крови 2 часа 290
Краснуха
Антитела к вирусу краснухи IgM сыворотка крови 2 часа 300
Антитела к вирусу краснухи IgG сыворотка крови 2 часа 290
Определение авидностиантител IgG к вирусу краснухи* сыворотка крови до 7 дней 910
*тест выполняется в виде «дозаказа» из биоматериала (крови), в котором определили антитела к вирусу краснухи IgG в лаборатории «ПМТ» при стабильности сыворотки 5 дней
Определение антител IgG к вирусу краснухи и авидности антител IgG к вирусу краснухи сыворотка крови до 7 дней 1200
Вирус краснухи ПЦР РНК плазма крови слюна респираторный мазок амниотическая жидкость до 7 дней 520
Цитомегаловирусная инфекция
Антитела к цитомегаловирусу IgM сыворотка крови 3 часа 300
Антитела к цитомегаловирусу IgG сыворотка крови 2 часа 290
Определение авидностиантител IgG к цитомегаловирусу* сыворотка крови до 7 дней 910
*тест выполняется в виде «дозаказа» из биоматериала (крови), в котором определили антитела к цитомегаловирусу IgG в лаборатории «ПМТ» при стабильности сыворотки 5 дней
Определение антител IgG к цитомегаловирусу и авидности антител IgG к цитомегаловирусу сыворотка крови до 7 дней 1200
Цитомегаловирус ПЦР ДНК цельная кровь (ЭДТА)
моча
респираторный мазок, урогенитальный мазок слюна
ликвор
мазок с конъюнктивы
до 2 дней 350
Инфекция вируса простого герпеса 1,2, типа
Антитела к вирусу простого герпеса 1,2 типа IgM сыворотка крови 1 день 290
Антитела к вирусу простого герпеса 1,2 типа IgG сыворотка крови 2 часа 300
Антитела к вирусу простого герпеса 2 типа IgG (качественный) сыворотка крови до 7 дней 320
Вирус простого герпеса 1,2 типа ПЦР ДНК цельная кровь (ЭДТА)
моча
респираторный мазок урогенитальный мазок слюна, ликвор
мазок с конъюнктивы соскоб с язв, эрозий
до 2 дней 350
Вирусные инфекции прочие
Инфекция вируса Эпштейна-Барр
Антитела к капсидному антигену вируса Эпштейна-Барр IgM сыворотка крови 1 день 430
Антитела к капсидному антигену вируса Эпштейна-Барр IgG сыворотка крови 1 день 430
Антитела к раннему антигену вируса Эпштейна-Барр IgG сыворотка крови 1 день 430
Антитела к ядерному антигену вируса Эпштейна-Барр IgG сыворотка крови 1 день 430
Вирус Эпштейна-Барр ПЦР ДНК цельная кровь (ЭДТА)
плазма крови (ЭДТА)
респираторный мазок слюна ликвор
до 2 дней 350
Инфекция вируса герпеса Варицелла-Зостер
Антитела к вирусу герпеса Варицелла – Зостер IgМ (качественный) сыворотка крови до 7 дней 460
Антитела к вирусу герпеса Варицелла – Зостер IgG (качественный) сыворотка крови до 7 дней 450
Корь
Антитела к вирусу кори IgM (качественный) сыворотка крови до 7 дней 430
Антитела к вирусу кори IgG (количественный) сыворотка крови до 7 дней 380
Инфекция вируса герпеса 6 типа
Вирус герпеса 6 типа ПЦР ДНК цельная кровь (ЭДТА) респираторный мазок слюна ликвор до 3 дней 350
ОРВИ
ОРВИ-скрин: определение РНК респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1,2,3,4 типов, коронавирусов, риновирусов, ДНК аденовирусов и бокавируса респираторный мазок мокрота до 7 дней 850
Бактериальные и грибковые инфекции
Бактериологические исследование крови
Посев крови на стерильность с определением чувствительности к антибактериальным препаратам цельная кровь до 7 дней 950
Посев крови на стерильность с определением чувствительности к антибактериальным препаратам на автоматическом анализаторе BIOMERIEUX «VITEK 2» (расширенный перечень антибактериальных препаратов) цельная кровь до 7 дней 1900
Туберкулез
Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) ПЦРДНК (M.tuberculosis, M.bovis, M.africanum, M.microti, M.canetti, М.pinipedii) цельная кровь (ЭДТА)
моча мокрота
промывные воды бронхов
ликвор
секрет простаты
синовиальная жидкость плевральная жидкость
до 3 дней 300
Брюшной тиф
РПГА с брюшнотифозным антигеном сыворотка крови до 3 рабочих дней 250
Кандидоз
Кандида альбиканс ПЦР ДНК моча
респираторный мазок, урогенитальный мазок мокрота
до 2 дней 350
Кандидоз (количественное определение) ПЦР ДНК
(C.albicans / C.glabrata / C.krusei / C.parapsilosis, C.tropicalis)
респираторный мазок урогенитальный мазок
мокрота
до 2 дней 450
Инфекция Н. pylori
Антитела к H. PyloriIgG сыворотка крови 2 часа 330
Н.pylori, определение антигена кал 1 день 870
Протозойные и паразитарные инфекции
Лямблиоз
Антитела к антигенам лямблии (суммарные IgA, IgM, IgG) сыворотка крови 1 день 310
Антитела к антигенам лямблии IgM сыворотка крови до 7 дней 350
Лямблии, определение антигена кал 1 день 550
Аскаридоз
Антитела к аллергену аскариды IgE сыворотка крови 2 часа 350
Эхинококкоз
Антитела к антигену эхинококка IgG сыворотка крови 1 день 300
Токсокароз
Антитела к антигену токсокара IgG сыворотка крови 1 день 300
Описторхоз
Антитела к антигену описторха IgM сыворотка крови 1 день 300
Антитела к антигену описторха IgG сыворотка крови 1 день 300
Трихинеллез
Антитела к антигену трихинеллы IgM сыворотка крови 1 день 300
Антитела к антигену трихинеллы IgG сыворотка крови 1 день 300
Комплексное исследование на гельминты
Гельминты (антитела к аллергену аскариды IgE; антитела к антигену эхинококка IgG; антитела к антигену токсокара IgG; антитела к антигену описторха IgM; антитела к антигену описторха IgG; антитела к антигену трихинеллы IgM; антитела к антигену трихинеллы IgG) сыворотка крови 1 день 2150
Паразитологические исследования
Исследование кала на яйца гельминтов и цисты патогенных кишечных простейших кал 1 день 350
Исследование на энтеробиоз (метод Рабиновича) мазок-отпечаток 1 день 200
Инфекции, передаваемые иксодовыми клещами
Клещевой боррелиоз
Антитела к антигенам боррелий (B.burgdorferis.s, B.afzelii, B.garinii) IgM сыворотка крови до 4 дней 290
Антитела к антигенам боррелий (B.burgdorferis.s, B.afzelii, B.garinii) IgG сыворотка крови до 4 дней 290
Клещевой боррелиоз (B.burgdorferis.s, B.afzelii, B.garinii) ПЦР ДНК клещ 1 день* 600**
Клещевой боррелиоз (B.miyamotoi) ПЦР ДНК клещ 1 день* 300**
Клещевой энцефалит
Антитела к вирусу клещевого энцефалита IgM сыворотка крови до 5 дней 280
Антитела к вирусу клещевого энцефалита IgG сыворотка крови до 5 дней 300
Вирус клещевого энцефалита ПЦР РНК клещ 1 день* 650**
Гранулоцитарный анаплазмоз. Моноцитарный эрлихиоз
Гранулоцитарный анаплазмоз / Моноцитарный эрлихиоз ПЦР ДНК клещ 1 день* 770**
Комплексное исследование клеща
Вирус клещевого энцефалита ПЦР РНК
Клещевой боррелиоз (B.burgdorferis.s, B.afzelii, B.garinii) ПЦР ДНК
клещ 1 день* 1000**
Вирус клещевого энцефалита ПЦР РНК
Клещевой боррелиоз (B.burgdorferis.s, B.afzelii, B.garinii) ПЦР ДНК Гранулоцитарный анаплазмоз / Моноцитарный эрлихиоз ПЦР ДНК
клещ 1 день* 1500**
*дополнительную информацию по срокам выполнения уточняйте у администратора
**исследование выполняется с апреля по октябрь
Инфекции дыхательных путей
Клинические исследования
Риноцитограмма мазок из носа 2 часа 280
Урогенитальные инфекции
Клинические исследования
Общеклиническое исследование материала (отделяемое цервикального канала, шейки матки, уретры у женщин; отделяемое уретры у мужчин) урогенитальный мазок 2 часа 350
Микробиологические исследования
Бактериологическое исследование на микрофлору
(без определения чувствительности к антибактериальным препаратам)
урогенитальный мазок сперма секрет простаты до 2 дней 350
Бактериологическое исследование на микрофлору
(с определением чувствительности к антибактериальным препаратам)
урогенитальный мазок сперма секрет простаты до 4 дней 650
Бактериологическое исследование на микрофлору (с определением чувствительности к антибактериальным препаратам на автоматическом анализаторе BIOMERIEUX «VITEK 2», Франция)
(расширенный перечень антибактериальных препаратов)
урогенитальный мазок
сперма секрет простаты
до 4 дней 1200
Бактериоскопическое и бактериологическое исследование на микрофлору (с определением чувствительности к антибактериальным препаратам) урогенитальный мазок до 4 дней 650
Бактериоскопическое и бактериологическое исследование на микрофлору (с определением чувствительности к антибактериальным препаратам на автоматическом анализаторе BIOMERIEUX «VITEK 2», Франция) (расширенный перечень антибактериальных препаратов) урогенитальный мазок до 4 дней 1430
Общеклиническое (отделяемое цервикального канала, шейки матки, уретры у женщин; отделяемое уретры у мужчин) и бактериологическое исследование на микрофлору
(с определением чувствительности к антибактериальным препаратам)
урогенитальный мазок до 4 дней 650
Бактериологическое исследование на дрожжевую флору
(с определением чувствительности к противогрибковым препаратам BIO-RAD, Франция)
урогенитальный мазок
сперма секрет простаты
до 4 дней 680
Бактериологическое исследование на дрожжевую флору (с определением чувствительности к противогрибковым препаратам) урогенитальный мазок
сперма секрет простаты
до 4 дней 380
Комплексное исследование биоценоза влагалища с определением чувствительности к антибактериальным препаратам урогенитальный мазок до 4 дней 750
Комплексное исследование биоценоза влагалища с определением чувствительности к антибактериальным препаратам на автоматическом анализаторе BIOMERIEUX «VITEK 2», Франция
(расширенный перечень антибактериальных препаратов)
урогенитальный мазок до 4 дней 1600
Бактериологическое исследование на анаэробные бактерии с определением чувствительности к антибактериальным препаратам материал из полости матки до 6 дней 900
Определение чувствительности к бактериофагам
(дозаказ к 21.МФ, 21.МФ.V, 21.БЦ, 21.БЦ.V)
урогенитальный мазок до 4 дней 160
Инфекции, передающиеся половым путем (ИППП)
Хламидиоз
Антитела к хламидии трахоматис IgA сыворотка крови 1 день 310
Антитела к хламидии трахоматис IgM сыворотка крови до 7 дней 450
Антитела к хламидии трахоматис IgG сыворотка крови 1 день 310
Хламидия трахоматис ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок
сперма секрет простаты
синовиальная жидкость мазок с коньюнктивы
до 2 дней 350
Трихомониаз
Трихомонада вагиналис ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок сперма
секрет простаты
до 2 дней 350
Гонорея
Нейссерия гонорея ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок сперма
секрет простаты
до 2 дней 350
Урогенитальный микоплазмоз
Уреаплазма уреалитикум / парвум ПЦР ДНК (с качественным определением типа) моча
урогенитальный мазок сперма секрет простаты
до 2 дней 410
Уреаплазма (уреалитикум + парвум) ПЦР ДНК (качественное определение) моча
урогенитальный мазок сперма секрет простаты
до 2 дней 350
Микоплазма хоминис ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок сперма секрет простаты
до 2 дней 350
Микоплазма гениталиум ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок сперма секрет простаты
до 2 дней 350
Уреаплазма уреалитикум / уреаплазма парвум / микоплазма хоминис (количественное определение) ПЦР ДНК
урогенитальный мазок
до 2 дней 480
Бактериологическое исследование для количественного определения уреаплазмы (уреалитикум + парвум) / микоплазмы хоминис моча
урогенитальный мазок
2 дня 720
Определение чувствительности к антибиотикам выделенной культуры уреаплазмы (уреалитикум + парвум) моча
урогенитальный мазок
2 дня 670
Определение чувствительности к антибиотикам выделенной культуры микоплазмы хоминис моча
урогенитальный мазок
2 дня 670
Комплексная диагностика урогенитальных инфекций (NСMT)
Нейссерия гонорея, хламидия трахоматис
микоплазма гениталиум, трихомонада вагиналис ПЦР ДНК
урогенитальный мазок до 2 дней 860
Гарднереллез (бактериальный вагиноз)
Гарднерелла вагиналис ПЦР ДНК урогенитальный мазок до 2 дней 350
Бактериальный вагиноз ПЦР ДНК (количественная оценка микроценоза) (Gardnerella vaginalis/lactobacillus spp/atopobium vaginae/bacteria spp.) урогенитальный мазок до 2 дней 500
Кандидоз
Кандида альбиканс ПЦР ДНК моча
урогенитальный мазок
до 2 дней 350
Кандидоз (количественное определение) ПЦР ДНК
(C.albicans / C.glabrata / C.krusei / C.parapsilosis, C.tropicalis)
урогенитальный мазок до 2 дней 450
Комплексное исследование микрофлоры влагалища БИОЦЕНОЗ
Комплексное исследование микрофлоры влагалища БИОЦЕНОЗ(количественное определение) ПЦР ДНК урогенитальный мазок до 2 дней 1450
Комплексное исследование микрофлоры влагалища БИОЦЕНОЗ (количественное определение) ПЦР ДНК+ NCMT урогенитальный мазок до 2 дней 2200
Комплексное исследование микрофлоры влагалища БИОЦЕНОЗ (количественное определение) ПЦР ДНК + микроскопическое исследование урогенитальный мазок до 2 дней 1650
Комплексное исследование микрофлоры влагалища БИОЦЕНОЗ (количественное определение) ПЦР ДНК + NCMT+ микроскопическое исследование урогенитальный мазок до 2 дней 2350
Вирусные инфекции
Цитомегаловирус ПЦР ДНК урогенитальный мазок до 2 дней 350
Вирус простого герпеса 1,2 типа ПЦР ДНК урогенитальный мазок до 2 дней 350
Инфекция вируса папилломы человека (ВПЧ)
Вирус папилломы человека (ВПЧ) – 16,18 типы ПЦР ДНК урогенитальный мазок до 2 дней 350
Вирус папилломы человека (ВПЧ) -16,18 типы ПЦР ДНК (количественное определение) урогенитальный мазок до 2 дней 450
Вирус папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР)-скрининг ПЦР ДНК гр. А7 (18,39,45,59 типы), гр А9 (16,31,33,35,52,58), гр А5/А6 (51,56) (качественное определение) урогенитальный мазок до 2 дней 490
Вирус папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР)-скринингПЦР ДНК
гр. А7 (18,39,45,59 типы), гр А9 (16,31,33,35,52,58), гр А5/А6 (51,56) (количественное определение)
урогенитальный мазок до 2 дней 490
Вирус папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР)-генотипирование ПЦР ДНК (16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59 типы) урогенитальный мазок до 2 дней 890
Вирус папилломы человека (ВПЧ) высокого канцерогенного риска (ВКР)-генотипирование расширенное ПЦР ДНК
(с определением количества и типа вируса)
(16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,66,68 типы)
урогенитальный мазок до 2 дней 1200
Исследования мочи
Клинические исследования
Клинический анализ мочи (физико-химические свойства + микроскопия) на автоматическом анализаторе IRIS моча 2 часа 170
Анализ мочи по Нечипоренко средняя порция утренней мочи 2 часа 170
Биохимические исследования
Амилаза моча 3 часа 120
Мочевая кислота моча суточная 3 часа 110
Кальций в суточной моче моча 3 часа 140
Кальций в 2-х часовой порции мочи моча 3 часа 240
Микроальбумин моча утренняя моча суточная 3 часа 240
Бета-2 микроглобулин моча 2 часа 350
Бактериологические исследования
Бактериологическое исследование мочи (без определения чувствительности к антибактериальным препаратам) моча до 2 дней 240
Бактериологическое исследование мочи
(с определением чувствительности к антибактериальным препаратам)
моча до 4 дней 500
Бактериологическое исследование мочи
(с определением чувствительности к антибактериальным препаратам на автоматическом анализаторе BIOMERIEUX «VITEK 2», Франция) (расширенный перечень антибактериальных препаратов)
моча до 4 дней 1200
Бактериологическое исследование на дрожжевую флору
(с определением чувствительности к противогрибковым препаратам BIO-RAD, Франция)
моча до 4 дней 680
Бактериологическое исследование на дрожжевую флору
(с определением чувствительности к противогрибковым препаратам)
моча до 4 дней 380
Определение чувствительности к бактериофагам (дозаказ к 21.М, 21.М.V.) моча до 4 дней 160
Цитологические исследования
Исследование соскоба цервикального канала и шейки матки урогенитальный соскоб до 3 рабочих дней 600
Гистологические исследования
Гистологическое исследование биопсийного материала , ткани женской половой системы, ткани кожи, до 14 дней 1200
*дополнительную информацию по срокам выполнения уточняйте у сотрудников Медицинских кабинетов
Молекулярно-генетические исследования на определение родства (информационные ДНК тесты)
Установление отцовства
(отец/ребенок), 20 маркеров
Ротовой мазок до 10 дней 11900
Установление отцовства
(мать/отец/ребенок) 20 маркеров
Ротовой мазок до 10 дней 15000
Установление материнства (мать/ребенок) 20 маркеров Ротовой мазок до 10 дней 11900
Установление материнства
(мать/отец/ребенок) 20 маркеров
Ротовой мазок до 10 дней 15000
Установление близкого родства (Бабушка/дедушка – внук/внучка) 24 маркера Ротовой мазок до 10 дней 18000
Дополнительный участник анализа Ротовой мазок до 10 дней 2900
Надбавка за нестандартный образец (ногти, волосы, жевательная резинка, пятна крови, пятна спермы, окурки, предметы обихода) 2500

HPV (Human Papillomavirus, папилломавирус человека), определение филогенетических групп вируса (16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58 59 типы), количественное определение ДНК (определение в материале методом ПЦР )

Артикул: 00680

Стоимость анализа

в лаборатории:

Обычный

1 840руб

стоимость указана без учета стоимости забора биологического материала

Добавить в корзину

Готовность результатов анализа

Обычные*: 4 рабочих дня

Дата сдачи анализа:
Дата готовности:

*не считая дня сдачи.

Подготовка к анализу

Для женщин: Сдаются после менструации. В течение 24 часов запрещены половая жизнь, спринцевания, влагалищные души, применение тампонов, свечей и других местных препаратов. Желательно не принимать ванну. Допускается только наружный туалет половых органов. Мазки на инфекции и посевы желательно сдавать не ранее, чем через 3 недели после приема антибиотиков (по любым причинам). Это не касается диагностики вирусных инфекций. Для мужчин: Не мочиться в течение 1,5-2 часов. Мазки на инфекции и посевы желательно сдавать не ранее, чем через 3 недели после приема антибиотиков (по любым причинам). Это не касается диагностики вирусных инфекций.

Забор биоматериала

Методы выполнения и тесты

ПЦР (полимеразная цепная реакция). Количественный.

Файлы

Скачать образец результата анализа

Для чего это нужно

Вирус папилломы человека (ВПЧ) относится к подгруппе А семейства паповирусов (Papoviridae), которая, согласно филогенетической классификации, подразделена на основе различий последовательностей генов Е6, Е7, L1 на 7 филогенетических групп генитальных ВПЧ: А5, А6, А7, А8, А9, А10, А11 (45 генотипов).5 клеток) по трем основным филогенетическим группам:

  • A5/A6 (51,56 типы) 

  • A9 (16,31,33,35,52,58 типы)

  • A7 (18,39,45,59 типы)

Метод определения: ПЦР

Папилломавирусная инфекция

В целях диагностики рака шейки матки исследование проводится одновременно с ПАП-мазком и/или Жидкостной цитологией. 

Также спрашивают:

С этим анализом сдают:

Как сдать анализы в Лабораториях ЦИР?

Для экономии времени оформите заказ на анализ в Интернет-магазине! Оплачивая заказ онлайн, Вы получаете скидку 10% на весь оформленный заказ!

У Вас есть вопросы? Напишите нам или позвоните +7 (495) 514-00-11. По анализам Вы можете задать вопрос на нашем форуме и обратиться на консультацию к специалисту.

Вход в ОМИМ – *142956

  • Барбути А., Хоглунд М., Йоханссон Б., Лассен К., Нильссон П.-Г., Хагемейер А., Мительман Ф., Фиоретос Т. Новый ген MSI2, кодирующий предполагаемый РНК-связывающий белок, периодически реаранжируется при прогрессировании хронического миелоидного лейкоза и образует гибридный ген с HOXA9 в результате скрытого t(7;17)(p15;q23). Рак Рез. 63: 1202-1206, 2003. [В паблике: 12649177] [Полный текст: http://cancerres.aacrjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12649177]

  • Барр, Ф.Г. Злоба сватовства. Природа Жене. 12: 113-114, 1996. [В паблике: 8563741] [Полный текст: https://doi.орг/10.1038/ng0296-113]

  • Борроу Дж., Ширман А. М., Стэнтон В. П. мл., Бехер Р., Коллинз Т., Уильямс А. Дж., Дубе И., Кац Ф., Квонг Ю. Л., Моррис К., Охясики К., Тояма К., Роули Дж., Хаусман Д. Э. Транслокация t(7;11)(p15;p15) при остром миелоидном лейкозе объединяет гены нуклеопорина NUP98 и гомеопротеина класса I HOXA9. Природа Жене. 12: 159-167, 1996. [В паблике: 8563754] [Полный текст: https://doi.орг/10.1038/ng0296-159]

  • Ченг В., Лю Дж., Йошида Х., Розен Д., Наора Х. Неверность происхождения эпителиального рака яичников контролируется генами HOX, которые определяют региональную идентичность в репродуктивном тракте. Природа Мед. 11: 531-537, 2005. [В паблике: 15821746] [Полный текст: https://doi.org/10.1038/nm1230]

  • Ганнам, Г., Такеда А., Камарата Т., Мур М. А., Виале А., Ясин Н. Р. Онкоген Nup98-HOXA9 индуцирует транскрипцию генов в миелоидных клетках. Дж. Биол. хим. 279: 866-875, 2004. [В паблике: 14561764] [Полный текст: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0021-9258(18)52694-6]

  • Ким, М. Х., Чанг, Х.-Х., Шин, К., Чо, М., Парк, Д., Парк, Х. В. Геномная структура и анализ последовательности HOXA-9 человека. ДНК-клеточная биол. 17: 407-414, 1998. [В паблике: 9628584] [Полный текст: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/dna.1998.17.407?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed]

  • Накамура, Т., Ларгаэспада, Д.А., Ли, М.П., ​​Джонсон, Л.А., Охясики, К., Тояма, К., Чен, С.Дж., Уиллман, С.Л., Чен, И.-М., Файнберг, А.П., Дженкинс, Н.А., Коупленд, Н.Г. , Шонесси, JD, Jr. Слияние гена нуклеопорина NUP98 с HOXA9 путем хромосомной транслокации t(7;11)(p15;p15) при миелоидном лейкозе человека. Природа Жене. 12: 154-158, 1996. [В паблике: 8563753] [Полный текст: https://doi.орг/10.1038/ng0296-154]

  • Шворер С., Беккер Ф., Феллер С., Байг А. Х., Кобер У., Хенце Х., Краус Дж. М., Синь Б., Лехель, А., Липка, Д.Б., Варгезе, К.С., Шмидт, М., Рохс, Р., Эберсолд, Р., Медина, К.Л., Кестлер, Х.А., Нери, Ф., фон Мальтцан, Дж., Тампель, С., Рудольф, К.Л. Эпигенетические реакции на стресс вызывают старение мышечных стволовых клеток с помощью сигналов развития Hoxa9. Nature 540: 428-432, 2016. Примечание: опечатки: 572: E11-E15, 2019. [В паблике: 27

    4] [Полный текст: https://doi.орг/10.1038/природа20603]

  • Виджапуркар У., Фишбах Н., Шен В., Брандтс К., Стокоу Д., Лоуренс Х. Дж., Ларгман К. Опосредованное протеинкиназой С фосфорилирование ассоциированного с лейкемией белка HOXA9 нарушает его способность связываться с ДНК и вызывает миелоидную дифференцировку. молек. Клетка. биол. 24: 3827-3837, 2004. [В паблике: 15082777] [Полный текст: https://journals.asm.org/doi/10.1128/MCB.24.9.3827-3837.2004?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%3dpubmed]

  • Xue, S., Тиан С., Фудзи К., Кладванг В., Дас Р., Барна М. РНК-регулонов в Hox 5-первичных UTR придают рибосомную специфичность генной регуляции. Природа 517: 33-38, 2015. [В паблике: 25409156] [Полный текст: https://doi.орг/10.1038/природа14010]

  • Генетическая характеристика вируса CoxSackie A9, связанного с асептическим менингитом в Альберте, Канада в 2010 году

    , 1 , 1 , 1, 3 и 1, 2

    Kanti Pubabaraju

    1 Провинциальная лаборатория общественного здравоохранения, 3030 Hospital Drive, Калгари, Альберта, T2N 4W4, Канада

    Sallene Wong

    1 Провинциальная лаборатория общественного здравоохранения, 3030 Hospital Drive, Калгари, Альберта, T2N 4W4, Канада

    Eve NY Chan

    1 Провинциальная лаборатория общественного здравоохранения, 3030 Hospital Drive, Calgary, Alberta, T2N 4W4, Canada

    3 Текущий адрес: Кафедра патологии речи и аудиологии, Университет Альберты, Эдмонтон, Альберта, Канада

    Raymond Tellier

    1 Провинциальная лаборатория общественного здравоохранения, 3030 Hospital Drive, Calgary, Alberta, T2N 4W4, Canada

    2 Кафедра микробиологии, иммунологии и инфекционных заболеваний Университета Калгари, Альберта, Канада

    1 Провинциальная лаборатория общественного здравоохранения, 3030 Hospital Drive, Калгари, Альберта, T2N 4W4, Канада

    2 Кафедра микробиологии, иммунологии и инфекционных заболеваний, Университет Калгари, Альберта, Канада

    3 Текущий адрес: Кафедра патологии речи и аудиологии, Университет Альберты, Эдмонтон, Альберта, Канада

    Автор, ответственный за переписку.

    Поступила в редакцию 15 октября 2012 г.; Принято 5 марта 2013 г.

    Copyright © 2013 Pabbaraju et al.; лицензиат BioMed Central Ltd. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальная работа правильно процитирована. Эта статья цитировалась другими статьями в PMC.

    Abstract

    Background

    В период с марта по октябрь 2010 г. в Альберте, Канада, была отмечена необычно высокая заболеваемость асептическим менингитом, вызванным энтеровирусами.Типирование на основе последовательности было выполнено на положительных образцах энтеровируса, чтобы лучше понять молекулярные характеристики штамма Коксаки A9 (CVA-9), ответственного за большинство случаев этой вспышки.

    Методы

    Молекулярное типирование проводили путем амплификации и секвенирования области VP2. Геномную последовательность одного из изолятов вспышки 2010 г. сравнивали с изолятом CVA-9 2003 г. и последовательностью прототипа для изучения генетического дрейфа и рекомбинации.

    Результаты

    Из 4323 протестированных образцов 213 оказались положительными на энтеровирусы (4,93%). Большинство положительных результатов было обнаружено в образцах спинномозговой жидкости (n = 157, 73,71%), а 81,94% секвенированных изолятов были типизированы как CVA-9. Секвенированные положительные результаты CVA-9 были преимущественно (94,16%) обнаружены у пациентов в возрасте от 15 до 29 лет, а пиковые месяцы обнаружения были между мартом и октябрем. Сравнение полных геномных последовательностей показало, что вирусы CVA-9, выделенные в Альберте в 2003 и 2010 годах, были в высокой степени гомологичны прототипу CVA-9 в структурных областях VP1, VP2 и VP3, но расходились в VP4, неструктурных и некодирующих областях. .

    Заключение

    Увеличение случаев асептического менингита связано с энтеровирусом CVA-9. Расхождение последовательностей между штаммом-прототипом CVA-9 и изолятами из Альберты предполагает генетический дрейф и/или рекомбинацию, однако последовательность была консервативной в антигенных областях, определяемых генами VP1, VP2 и VP3. Эти результаты позволяют предположить, что увеличение числа случаев CVA-9, вероятно, не было результатом появления радикально отличающегося мутанта, ускользающего от иммунитета.

    Ключевые слова: Энтеровирусы человека, Коксаки А9, асептический менингит, серотипирование расщепляется с образованием структурных и неструктурных белков [1]. Хотя большинство инфекций протекают бессимптомно, неполиомиелитные энтеровирусы являются наиболее распространенной инфекционной причиной асептического менингита [1]. Описано несколько вспышек, вызванных различными серотипами энтеровирусов, включая, помимо прочего, вирус Коксаки A9 (CVA-9) [2], EV71 [3,4], EV68 [5], вирус Коксаки A24 [6], эховирус 18 [7], эховирус 30 [8,9] и вирус Коксаки А16 [10].

    Неполиомиелитные энтеровирусы традиционно классифицировались по серотипам на основе анализа нейтрализации и включали 64 классических изолята, состоящих из вирусов Коксаки A, вирусов Коксаки B, эховирусов и нескольких пронумерованных энтеровирусов [11]. Генетические исследования привели к новой схеме классификации, сгруппировавшей энтеровирусы в виды A, B, C и D, хотя определение серотипа все еще широко используется, в том числе в эпидемиологических целях. Методы типирования, основанные на секвенировании, ранее были описаны для областей VP1 [12-14], VP2 [15,16] и VP4 [17].Было обнаружено, что методы молекулярного типирования, основанные на последовательностях геномной области P1, дают результаты, эквивалентные нейтрализующим анализам, которые они по существу заменили [1,14]. Молекулярное типирование также привело к характеристике новых серотипов энтеровирусов [4,18-20] и дает информацию о рекомбинации между энтеровирусами. Это обычное явление, которое почти всегда происходит между вирусами, принадлежащими к одному и тому же виду [1,21,22]. Определение серотипа остается важным для молекулярной эпидемиологии, отчасти потому, что капсид содержит эпитопы нейтрализации, а повышение или снижение частоты серотипа может быть связано с серотип-специфическим гуморальным иммунитетом в популяции [21].Капсид также определяет клеточные рецепторы, используемые вирусом [23], и, таким образом, является важной детерминантой вирусного патогенеза, хотя неструктурные белки также вносят свой вклад в патогенез вируса [24].

    Необычно высокая заболеваемость асептическим менингитом была отмечена в Альберте, Канада, в период с марта по октябрь 2010 г. [25]. Большая часть образцов спинномозговой жидкости, представленных в Провинциальную лабораторию общественного здравоохранения Альберты, была положительной на энтеровирусы, и серотипирование с помощью молекулярных методов показало, что большинство этих энтеровирусов принадлежало к серотипу CVA-9.Основная цель этого исследования состояла в том, чтобы предоставить полную генетическую характеристику изолятов CVA-9, ответственных за эту вспышку. Второстепенные цели заключались в том, чтобы прокомментировать методы молекулярного серотипирования для диагностической лаборатории и использование длинной ОТ-ПЦР в качестве удобного метода для получения почти полной геномной последовательности энтеровирусов, особенно когда в генезе участвуют события рекомбинации. вирусный геном. Последовательность генома этих изолятов была определена и сопоставлена ​​с последовательностью изолята CVA-9 из Альберты в 2003 г. и последовательностью прототипа CVA-9 (штамм: Griggs; {“тип”:”entrez-нуклеотид”,”attrs” :{“текст”:”D00627″,”term_id”:”221214″,”term_text”:”D00627″}}D00627) [26].Было обнаружено, что серотипирование путем секвенирования в области VP2 более надежно, чем в области VP4. Сравнение различных генов выявило более высокую консервативность нуклеотидов и аминокислот в структурных областях, а анализ последовательности неструктурной области указал на события рекомбинации в генезисе изолята 2010 года.

    Результаты

    Выявление и серотипирование

    Из 4323 протестированных образцов 213 оказались положительными на энтеровирусы (4,93%). Большинство положительных результатов были образцами спинномозговой жидкости (n = 157, 73.71%), за которыми следуют образцы респираторного происхождения (n = 17, 7,98%), стул (n = 10, 4,70%) и плазма (n = 8, 3,76%). Остальная часть этого анализа концентрируется на образцах спинномозговой жидкости. Всего было случайным образом отобрано 72 положительных образца ЦСЖ, представляющих различные возрастные группы, географические местоположения и тяжесть заболевания для определения серотипа на основе филогенетического кластеризации частичной последовательности области VP2 с последовательностями-прототипами. Более 85% образцов можно было типировать без необходимости посева или вложенной ПЦР (данные не показаны).Эта ОТ-ПЦР выявляет как энтеровирусы, так и риновирусы и позволяет проводить дифференциацию на основе длины ампликона.

    Наиболее распространенным обнаруженным серотипом был CVA-9 (n = 59, 81,94%), и он явно был преобладающим серотипом в популяции. Более тщательное изучение возрастного распределения показало, что большинство (n = 56, 94,92%) положительных результатов CVA-9 были у пациентов в возрасте от 15 до 29 лет, только три (5,08%) положительных результата CVA-9 были обнаружены у детей менее старше года.Другими часто выявляемыми серотипами были CVB-3 (n = 3) и CVB-4 (n = 2). На рисунках A и B показано распределение различных серотипов, обнаруженных у младенцев в возрасте до одного года и у пациентов старше одного года. Филогенетическое дерево, включающее представителей различных обнаруженных серотипов энтеровирусов и некоторые репрезентативные штаммы-прототипы в области VP2, показано на рисунке . Последовательность VP2 из всех секвенированных изолятов была идентична, показывая, что вспышка была связана с клональной или почти клональной популяцией CVA-9.

    Распределение различных серотипов, обнаруженных в секвенированных образцах. A указывает на распределение серотипа в образцах от пациентов младше одного года и B от пациентов старше одного года.

    Филогенетическое древо, включающее представителей различных обнаруженных серотипов и соответствующие последовательности прототипов (курсивом) . Выравнивание, использованное для филогенетического древа, включало 173 основания области VP2 из клинических образцов, также включена такая же область из штаммов-прототипов.Номер доступа Genbank для штаммов-прототипов включен в легенду к Таблице. Образцы пациентов идентифицируются по номеру лаборатории, за которым следует тип энтеровируса.

    Распределение по возрасту и полу

    Из 59 образцов, положительных на CVA-9, примерно одинаковое количество было обнаружено у мужчин (n = 30) и женщин (n = 29). На рисунке показано распределение по возрасту и процент образцов спинномозговой жидкости, положительных на CVA-9, в разных тестируемых возрастных группах. Данные показывают, что большинство положительных результатов CVA-9 были обнаружены у пациентов в возрасте от 15 до 30 лет.

    Распределение по возрасту пациентов с положительным результатом на энтеровирус CVA-9. Столбцы представляют общее количество образцов, положительных на CVA-9, а пунктирная линия указывает процент положительных на CVA-9 образцов среди серотипированных образцов в каждой возрастной группе. Сплошная линия показывает процент образцов, положительных на все энтеровирусы в каждой возрастной группе, исходя из количества образцов спинномозговой жидкости, протестированных в этой возрастной группе.

    Сезонность

    В данном исследовании использовались образцы с января 2010 г. по декабрь 2010 г.; пиковые месяцы для обнаружения положительных результатов CVA-9 в образцах спинномозговой жидкости были между мартом и октябрем.

    Сравнение геномов почти полной длины

    Геномные последовательности CVA-9_2003 и CVA-9_2010 депонированы в GenBank под инвентарным номером {“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“text”: “JQ837913”, “term_id”: “393809357”, “term_text”: “JQ837913”}}JQ837913 и {“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“текст”:”JQ837914″,”term_id” :”393809359″,”term_text”:”JQ837914″}}JQ837914 соответственно. Сравнение последовательностей нуклеотидов и аминокислот в каждом из генных сегментов CVA-9_2003 и CVA-9_2010 с последовательностью прототипа CVA-9 показано в таблице.Идентичность нуклеотидов в 5′-нетранслируемой области (5′-UTR) между CVA-9_2003 и CVA-9_2010 была выше (96,5%), чем у прототипа последовательности CVA-9, которая составляла около 85%. Идентичность нуклеотидов и аминокислот была высокой (около 95%) между образцами CVA-9_2003 и CVA-9_2010 в структурных генах (VP4, VP2, VP3 и VP1). Идентичность нуклеотидов в структурных генах для обоих этих образцов была ниже (около 80%) по сравнению с последовательностью прототипа CVA-9, но идентичность аминокислот была высокой (около 90%), что указывает на то, что нуклеотидные изменения состояли в основном из синонимичных мутаций.CVA-9_2010 показал некоторое отличие последовательности от изолята CVA-9_2003 в 3′-неструктурном домене. Этот домен кодирует протеазу 2А, белок 2В, геликазу 2С, белок 3А, белок 3В (VPg), протеазу 3С и белок 3D (полимеразу). Идентичность нуклеотидной последовательности в участках протеазы 2А и белка 2В составила 96,15% и 93,60% соответственно; идентичность хеликазы 2C, белка 3A и белка 3D составила около 80%. Наименьшая нуклеотидная идентичность наблюдалась в белке 3B на уровне 74,63% и протеазе 3C на уровне 77.78%, однако консервативность аминокислот в этих генах была выше, как указано в таблице . Сравнение этих генных сегментов с прототипом штамма CVA-9 показало более высокий процент идентичности аминокислот по сравнению с идентичностью нуклеотидов.

    Таблица 1

    Сравнение процентной идентичности нуклеотидных и аминокислотных последовательностей изолятов из 2003 г. ({“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“text”:”JQ837913″,”term_id”:”393809357 “,”term_text”:”JQ837913″}}JQ837913), 2010 ({“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“текст”:”JQ837914″,”term_id”:”393809359″,”term_text “:”JQ837914”}}JQ837914) и последовательность прототипа CVA-9 ({“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“text”:”D00627″,”term_id”:”221214″,”term_text “:” D00627 “}} d00627)

    9025 5 94.12
    94.76

    96.15 92.96
    97.78
    91.62


    2003 VS 2010
    2003 против Prototype CVA-9
    2010 против Prototype CVA-9
    Ген фрагмент Nucleotide аминокислота Nucleotide аминокислота
    5’NCR
    96.5
    N / A
    84,93
    N / A
    85,5
    N / A
    VP4
    92,65
    94,29
    79,9
    94,12
    77.94 77.94
    94.12
    94.76 9029 94.76
    94.03
    80257 88.85 90.95
    89.23
    VP3
    95,24
    97,51
    81,37
    98,74
    81,65
    98,32
    VP1
    94,92
    95,47
    82
    93.38 93.38
    81.24
    92.05999 92.05
    2A протеаз
    96.15
    97.31
    77.78
    93,88
    79,14
    95,24
    2B Белок
    93,6
    83,33
    79,46
    91,92
    80,47
    96,97
    2C Helicase
    82.19
    92.96
    92.96
    82.07
    97.26
    97.26
    80.87 9666 96.35
    3A Белок
    81.34
    93,48
    73,03
    91,01
    74,63
    89,89
    3B белка (ВПГ)
    74,63
    86,36
    79,1
    90,91
    70.15
    86.36
    3C протеаз
    77.78
    91.62
    81.75
    97.27
    79.02
    95,63
    3D белка (Pol) 80,19 92,09 76,81 96,32 73,69 95,89

    филогенетический анализ сравнения нуклеотидных последовательностей всех видов B прототипа последовательности CVA-9_2003 и CVA-9_2010 показывают, что в области VP2 эти последовательности кластеризуются с последовательностью-прототипом CVA-9 с высоким значением начальной загрузки; аналогичная картина наблюдалась для областей VP1 и VP3.Однако в области VP4 ближайшим соседом последовательностей CVA-9_2003 и CVA-9_2010 является энтеровирус 101 (EV-101), и существует значительное расхождение с последовательностью прототипа CVA-9 на уровне нуклеотидов (данные не показаны). В таблице перечислены ближайшие соседи, основанные на филогенетическом анализе структурных и неструктурных генных сегментов, по сравнению с генными последовательностями штаммов-прототипов. Как показано в таблице, области 2A, 2B и 3B из CVA-9_2003 и CVA-9_2010 кластеризуются вместе, однако области 2C, 3A, 3C и 3D из CVA-9_2003 и CVA-9_2010 кластеризуются с разными видами энтеровирусов B. последовательности-прототипы, указывающие на изменения пар оснований или рекомбинацию в этих областях.Вероятная мозаичная природа генома CVA-9_2003 и CVA-9_2010 была дополнительно исследована путем проведения анализа Simplot. На рисунке А сравнивается последовательность CVA-9_2003 с последовательностью энтеровирусов, указанных в таблице, как наиболее гомологичных по каждому гену. Все вирусы высоко гомологичны в пределах 5’NC, и более высокий балл EV-74 может отражать или не отражать происхождение сегмента 5’UTR изолятов из Альберты; тем не менее, секвенирование 5’UTR не позволит провести точное серотипирование. Это показывает, что в области VP2-VP3-VP1 CVA-9_2003 наиболее гомологичен прототипу CVA-9; предполагается, что различия связаны с генетическим дрейфом с годами.Интересно отметить, что в области VP4 наибольшая гомология наблюдается с EV-101, что позволяет предположить, что могла иметь место рекомбинация с EV-101 (или очень похожим вирусом). Это говорит о том, что полагаться только на последовательность VP4 нельзя для точного серотипирования. Анализ Simplot также показывает, что в неструктурной кодирующей области произошла рекомбинация с другими вирусами вида B, хотя доминирование отдельных вирусов недостаточно ясно, чтобы с уверенностью приписать происхождение сегментов.Точно так же на рисунке B сравнивается последовательность CVA-9_2010 с энтеровирусами, указанными в таблице. Аналогичные комментарии можно сделать относительно последовательности CVA-9_2010, хотя в неструктурном домене идентификация CVB-6, EV-86 и EV-100 как способствующих событиям рекомбинации кажется более убедительной. Таблицы и показывают, что существует высокая идентичность нуклеотидов между CVA-9_2003 и CVA-9_2010 в области выше по течению от той, которая кодирует белок 2B. Можно предположить, что CVA-9_2010 возник в результате событий рекомбинации между CVA-9_2003, CVB-6, EV-86 и EV-100.Эта гипотеза проверяется с помощью анализа Simplot на рисунке C. Этот анализ предполагает, что CVA-9 (2010 и 2003) в высокой степени гомологичны от 5’NC до домена 2B; рекомбинация с другими вирусами явно происходила после этой точки с участием EV-86 и EV-100 и, вероятно, CVB-6.

    Таблица 2

    ближайший сосед к образцам 2003 и 2010 года на основе филогенетического анализа

    5 «NCR
    2B Белок
    902 9C Protease
    ближайший сосед до 2003 ближайший сосед к 2010
    EV74
    EV74
    VP4
    EV101
    EV101
    VP2
    CVA-9
    CVA-9
    VP3
    CVA-9
    CVA-9
    CVA-9 CVA-9 CVA-9
    2a Protease
    ECHO 25
    ECHO 25
    CVB-5 и echo14
    CVB-5 и echo14
    2C Helic ASE
    ECHO 25259 CVB-6
    9A белок
    ECHO 16 и CVB-6
    EV 86
    3B белок (VPG)
    ECHO 14 и CVB -5
    ECHO 14 и CVB-5
    ECHO 13
    EV 100
    3D белок (Pol) ECHO 13 EV 86

    Упрощенный анализ полных геномных последовательностей CVA-9_2003, CVA-9_2010 и последовательностей родственных видов B. Геномные области указаны внизу каждой панели на основании нумерации прототипа CVA-9 ({“type”:”entrez-нуклеотид”,”attrs”:{“text”:”D00627″,”term_id”:” 221214″,”term_text”:”D00627″}}D00627) 5’UTR:1–722; ВП4:723–929; ВП2: 930–1712; ВП3:1713–2426; ВП1:2427–3332; 2А: 3333–3773; 2Б: 3774–4069; 2С:4070–5057; 3А: 5058–5323; 3В:5324–5390; 3С:5391–5938; 3D:5939–7324; 3’UTR:7325 – >7403. Используемые последовательности запросов: CVA-9_2003 в панели 4 A и CVA-9_2010 в панелях 4 B и 4 C .Стрелки на панелях 4 A и 4 B указывают на рекомбинацию с EV-101 в области VP4.

    Обсуждение

    Рекомбинация между энтеровирусами происходит довольно часто и обычно происходит в пределах одного и того же вида [1,27]. Первоначально считалось, что области 5’UTR и P1 движутся независимо при рекомбинации, а частота рекомбинации выше в неструктурной кодирующей области [22]. Это привело к выводу, что серотипирование молекулярными методами, включающими секвенирование области P1, должно быть эквивалентно секвенированию сегментов этой области (VP1, 2, 3 или 4).Несколько исследований подтвердили тот факт, что секвенирование областей VP1 или VP2 дает сходные результаты типирования по сравнению с секвенированием всей области P1 [1, 14, 28]. Типирование с использованием области VP4 дало противоречивые результаты, включая исследования, сообщающие как о согласованных, так и о противоречивых результатах классического серотипирования [28,29]; Перера и др. отметили, что последовательность VP4 ненадежна для серотипирования вирусов видов B и C [29]. Это несоответствие, по-видимому, является результатом событий рекомбинации, затрагивающих область VP4 [22].Интуитивно можно продолжать рассматривать сегмент, кодирующий рекомбинацию внешних доменов капсида, как блок, поскольку домен VP4 остается полностью внутри капсида и недоступен для антител [1].

    Ампликон, используемый для определения серотипа, включает сегмент из 5’UTR, область VP4 и сегмент области VP2; но, учитывая возможность рекомбинаций вне области VP2-VP3-VP1, для типирования образцов в этом исследовании использовалась только последовательность внутри VP2.Было отмечено, что если присвоение серотипа производится на основе сравнения Blast с последовательностями базы данных GenBank, существует возможность неточного присвоения серотипа, поскольку современные изоляты, представленные в GenBank, могли быть серотипированы на основе последовательности VP4, которая может рекомбинироваться независимо от VP2. Сегмент -VP3-VP1. В данном исследовании присвоение серотипа было достигнуто путем построения филогенетического дерева с частичной последовательностью VP2, полученной путем секвенирования ампликона и соответствующих последовательностей VP2 исходных штаммов-прототипов [1].Несмотря на генетический дрейф, очевидный в последовательностях современных вирусов, этот метод обеспечил однозначное определение серотипа. О случаях рекомбинации в сегменте VP2-VP3-VP1 сообщалось очень редко. Аль-Хелло и его коллеги сообщили об изоляте, который был идентифицирован как эховирус 11 с помощью генетического анализа, но мог быть нейтрализован антисывороткой, специфичной для эховируса 11 или CVA-9. Анализ пептидного сканирования подтвердил наличие эпитопов, распознаваемых обеими антисыворотками, тогда как анализ Simplot не смог выявить событие рекомбинации внутри капсида [30].Если сообщения об изолятах с аналогичными свойствами станут более частыми, сама концепция серотипа энтеровируса может стать несостоятельной. Несмотря на эти соображения, на данный момент времени изоляты серотипа остаются ценными, поскольку серотип определяется нейтрализующими эпитопами и остается важным для молекулярной эпидемиологии этих вирусов. Кроме того, капсид определяет выбор клеточного рецептора, следовательно, серотип является важным фактором для определения патогенности изолята [23]; однако остальная часть генома также вносит вклад в патогенность [24], и для полной характеристики изолята требуется полное секвенирование генома.

    Во время вспышки 2010 г. было отмечено различное распределение серотипов среди младенцев (< 1 года) и пожилых людей, эта разница в распределении серотипов между возрастными группами отмечалась ранее [31,32]. Серотипы, обнаруженные среди младенцев, включенных в наше исследование, обычно связаны с неонатальными заболеваниями, например, Коксаки B3 и B4, эховирус 9 и EV-71. Было интересно наблюдать один изолят с областью VP2, наиболее похожей на недавно описанный EV-97 [20].Среди остальной части населения явно преобладал серотип CVA-9. Филогенетический анализ области VP2 изолятов CVA-9 показал, что все изоляты имели одинаковые последовательности и, следовательно, происходили из одного и того же штамма.

    Сравнение областей капсида показало высокую степень гомологичности изолятов CVA-9_2003 и CVA-9_2010, что было подтверждено анализом Simplot; следовательно, предполагается, что внезапное увеличение обнаружения CVA-9 в образцах спинномозговой жидкости связано с увеличением числа людей, восприимчивых к CVA-9 в популяции, а не с появлением в 2010 году мутанта, ускользающего от иммунитета.Для того чтобы инфекционный агент вызвал вспышку, необходимо, чтобы коллективный иммунитет популяции упал ниже порога, который определяется базовым числом репродукции R 0 [33]. Для повторного проникновения CVA-9 в популяцию Альберты в 2010 г. либо новый изолят был мутантом, ускользающим от иммунитета, против которого у популяции ранее не было иммунитета, либо коллективный иммунитет упал ниже порогового значения. Из-за очень высокой гомологии капсидных последовательностей между изолятами 2003 и 2010 гг. маловероятно, что изолят 2010 г. был мутантом, ускользающим от иммунитета.

    Сравнение с последовательностью прототипа CVA-9 показывает, что два изолята из провинции Альберта унаследовали свой сегмент VP2-VP3-VP1 от прототипа, но сегмент VP4 демонстрирует дивергенцию последовательности. Для всех других сегментов, кодирующих белок, были построены филогенетические деревья нуклеотидной последовательности для сравнения штаммов Alberta с штаммами-прототипами в пределах вида B, и был проведен анализ Simplot. Можно сделать два важных наблюдения: во-первых, два изолята из Альберты высоко гомологичны в большинстве регионов, с небольшими изменениями, которые в значительной степени можно объяснить дрейфом последовательности; однако рекомбинация, вероятно, произошла в областях 2C, 3A, 3C и 3D.Во-вторых, изоляты из Альберты сильно отличаются от прототипа CVA-9 в сегменте VP4 (подтверждая концепцию о том, что VP4 может быть местом рекомбинации). 5’NC, структурные и неструктурные области, по-видимому, являются компонентами мозаичного генома, модифицированного по сравнению с прототипом CVA-9 путем рекомбинации и дрейфа. Аналогичные наблюдения были сделаны на других современных штаммах CVA-9 [34] и, конечно же, на других современных энтеровирусах вида B [22,27]. Насколько патогенность этих вирусов CVA-9 была изменена неструктурными генами по сравнению со штаммом-прототипом, неясно [22].

    Заключение

    Таким образом, внезапное увеличение случаев асептического менингита в Альберте в 2010 г. было связано с энтеровирусом CVA-9. Область капсида была в высокой степени гомологична капсиду изолята 2003 г., что позволяет предположить, что инфекции не были результатом появления мутанта, ускользающего от иммунитета. Таким образом, мы предполагаем, что увеличение числа инфекций могло быть результатом снижения уровня коллективного иммунитета против этого вируса до уровня, при котором вирус смог проникнуть в популяцию.По сравнению со штаммом-прототипом CVA-9 изоляты из Альберты демонстрировали признаки множественных событий рекомбинации в дополнение к генетическому дрейфу.

    Методы

    Скрининг на энтеровирусы

    В исследование были включены образцы, представленные в Областную лабораторию общественного здравоохранения (ProvLab) для тестирования на энтеровирусы с 1 января по 31 декабря 2010 года. Всего было протестировано 4323 образца от пациентов в возрасте от одного дня до 97 лет; наиболее часто тестируемые типы образцов включали ЦСЖ (n = 2687, 62.16%), плазма (n = 497, 11,50%), мазки из носоглотки и зева (n = 213, 4,93%) и стул (n = 103, 2,40%). Вирусную РНК экстрагировали с помощью автоматического экстрактора easyMAG® (BioMérieux, Дарем, Северная Каролина, США), а извлеченную нуклеиновую кислоту подвергали скринингу на наличие энтеровирусов с использованием ранее опубликованного анализа NASBA [35].

    Серотипирование энте- -EV/RV и 2-EV/RV из РНК, выделенной непосредственно из образца [36].Секвенирование проводили без необходимости вложенной амплификации. Амплификацию проводили с использованием набора One-step RT-PCR от Qiagen (Онтарио, Канада) с использованием 10 мкл 5X буфера, 10 мкл раствора Q, 2 мкл 10 мМ dNTP, 2 мкл фермента, 0,125 мкл RNaseOUT (Life Technologies, Онтарио, Канада), 0,8 мкМ праймеров и 5 мкл матричной нуклеиновой кислоты в общем объеме 50 мкл. Стадию обратной транскрипции проводили при 50°С в течение 30 мин с последующей активацией фермента при 95°С в течение 15 мин. Протокол амплификации включал 45 циклов денатурации при 95°C в течение 30 секунд с последующим отжигом при 55°C в течение 1.5 минут и амплификация при 72°C в течение 60 секунд. Заключительный этап удлинения выполняли в течение 10 минут при 72°C с последующим охлаждением. Амплифицированные продукты секвенировали в обоих направлениях на генетическом анализаторе ABI PRISM 3130-Avant (Applied Biosystems (ABI), Foster City, CA).

    Анализ последовательности

    Последовательности выравнивали с помощью ClustalX (версия 1.81, март 2000 г.; ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/), а филогенетический анализ проводили с помощью Treecon [38]. Оценка расстояния была выполнена с использованием коррекции расстояния Джукса и Кантора (1969), вывод топологии был выполнен с использованием метода соединения соседей, а начальная загрузка была выполнена с использованием 1000 повторений, и дерево было повторно укоренено в междоузлии.Анализ Simplot был выполнен с использованием выравниваний, выполненных с помощью CLustalX и программы Simplot для Windows v3.5.1 [39].

    Сокращения

    ЦСЖ: Спинномозговая жидкость; CVA: вирус Коксаки А; CVB: вирус Коксаки B; ЭВ: энтеровирус; UTR: непереведенная область; NASBA: Амплификация на основе последовательности нуклеиновой кислоты; ОТ-ПЦР: полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией; ABI: Прикладные биосистемы; CVA-9: Вирус Коксаки A9

    Конкурирующие интересы

    Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

    Вклад авторов

    ЕС провела молекулярные исследования и участвовала в выравнивании последовательностей. KP, SW и RT задумали исследование, участвовали в его разработке, координации и анализе. KP написала рукопись, SW и RT отредактировали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

    Благодарности

    Работа выполнена при поддержке Провинциальной лаборатории общественного здравоохранения Альберты и Университета Калгари.

    Каталожные номера

    • Pallansch M, Roos R.В: Вирусология Филдса. 5. Knipe DM, Howley PM, изд. Филадельфия, Пенсильвания: Липпинкотт Уильямс Уилкинс; 2011. Энтеровирусы: полиовирусы, вирусы Коксаки, эховирусы и новые энтеровирусы; стр. 839–894. [Google Scholar]
    • Cui A, Yu D, Zhu Z, Meng L, Li H, Liu J, Liu G, Mao N, Xu W. Вспышка асептического менингита, вызванного вирусом Коксаки A9, в Ганьсу, Китайская Народная Республика. . Вирол Дж. 2010; 10:72. doi: 10.1186/1743-422X-7-72. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Соломон Т., Льютуэйт П., Перера Д., Кардоса М.Дж., МакМинн П., Оой М.Х.Вирусология, эпидемиология, патогенез и борьба с энтеровирусами 71. Lancet Infect Dis. 2010; 10: 778–790. doi: 10.1016/S1473-3099(10)70194-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Stanway G, Brown F, Christian P. In: Virus Taxonomy — классификация и номенклатура вирусов. 8-й доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, редактор. Амстердам, Нидерланды: Elsevier Academic Press; 2005. Пикорнавирусы; стр. 757–778. [Google Scholar]
    • Центры по контролю и профилактике заболеваний.Кластеры острых респираторных заболеваний, связанных с энтеровирусом человека 68 — Азия, Европа и США, 2008–2010 гг. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2011; 10:1301–1304. [PubMed] [Google Scholar]
    • Tavares FN, Campos RM, Burlandy FM, Fontella R, de Melo MM, da Costa EV, da Silva EE. Молекулярная характеристика и филогенетическое исследование вируса Коксаки A24v, вызывающего вспышки острого геморрагического конъюнктивита (ОГК) в Бразилии. ПЛОС Один. 2011;10:e23206. doi: 10.1371/journal.pone.0023206. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Tsai HP, Huang SW, Wu FL, Kuo PH, Wang SM, Liu CC, Su IJ, Wang JR.Вспышка асептического менингита, связанная с эховирусом 18, на Тайване: эпидемиология, диагностические и генетические аспекты. J Med Microbiol. 2011;10:1360–1365. doi: 10.1099/jmm.0.027698-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Перевосчиковс Ю., Бриля А., Фирстова Л., Комарова Т., Лученко И., Осмяна Ю., Саврасова Л., Сингарева И., Стороженко Ю., Волоскука Н., Замятина Н. Продолжающаяся вспышка асептического менингита в Юго-Восточной Латвии, июнь – август 2010 г. Euro Surveill. 2010;10(32):9–11. [PubMed] [Google Scholar]
    • Саволайнен-Копра С., Паананен А., Бломквист С., Клемола П., Симонен М.Л., Лаппалайнен М., Вуоринен Т., Кууси М., Лемей П., Ройвайнен М.Крупной вспышке эховируса 30 в Финляндии предшествовала тихая циркуляция того же генотипа. Гены вирусов. 2011;10:28–36. doi: 10.1007/s11262-010-0536-x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Wu PC, Huang LM, Kao CL, Fan TY, Cheng AL, Chang LY. Вспышка инфекции вирусом Коксаки А16: сравнение с другими энтеровирусами в дошкольном учреждении в Тайбэе. J Microbiol Immunol Infect. 2010;10:271–277. doi: 10.1016/S1684-1182(10)60043-6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Майнор П., Браун Ф., Доминго Э.В: Таксономия вирусов. Классификация и номенклатура вирусов. Шестой доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Мерфи Ф.А., Фоке К.М., Бишоп Д.Х.Л., редактор. Вена, Австрия: Springer-Verlag; 1995. С. 329–336. [Google Scholar]
    • Каро В., Гийо С., Дельпейру Ф., Крайник Р. Молекулярная стратегия «серотипирования» энтеровирусов человека. Джей Ген Вирол. 2001; 10: 79–91. [PubMed] [Google Scholar]
    • Нордер Х., Бьеррегаард Л., Магниус Л.О. Гомотипические эховирусы имеют сходную аминоконцевую последовательность VP1, подходящую для типирования.J Med Virol. 2001; 10:35–44. doi: 10.1002/1096-9071(200101)63:1<35::AID-JMV1005>3.0.CO;2-Q. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Oberste MS, Maher K, Kilpatrick DR, Flemister MR, Brown BA, Pallansch MA. Типирование энтеровирусов человека путем частичного секвенирования VP1. Дж. Клин Микробиол. 1999; 10:1288–1293. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
    • Nasri D, Bouslama L, Pillet S, Bourlet T, Aouni M, Pozzetto B. Основное обоснование, текущие методы и будущие направления молекулярного типирования энтеровируса человека.Эксперт Rev Mol Diagn. 2007; 10: 419–434. doi: 10.1586/14737159.7.4.419. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Oberste MS, Maher K, Pallansch MA. Молекулярная филогения всех серотипов энтеровирусов человека основана на сравнении последовательностей на 5’-конце области, кодирующей VP2. Вирус Рез. 1998; 10:35–43. doi: 10.1016/S0168-1702(98)00101-4. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Ишико Х., Шимада Ю., Йонаха М., Хашимото О., Хаяши А., Сакае К., Такеда Н. Молекулярная диагностика энтеровирусов человека с помощью филогенетической классификации с использованием последовательности VP4.J заразить дис. 2002; 10: 744–754. дои: 10.1086/339298. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • King AMQ, Brown F, Christian P, Hovi T, Hyypia T, Knowles NJ, Lemon SM, Minor PD, Palmenberg AC, Skern T. In: Virus Taxonomy. Седьмой отчет Международного комитета по таксономии вирусов. ван Регенмортель MHV, Fauquet CM, Bishop DHL, редактор. Нью-Йорк-Сан-Диего, США: Academic Press; 2000. Пикорнавирусы; стр. 657–673. [Google Scholar]
    • Оберсте М.С., Мишель С.М., Махер К., Шнурр Д., Цистерна Д., Юнттила Н., Уддин М., Хомель Дж.Дж., Лау С.С., Ридха В., аль-Бусайди С., Нордер Х., Магниус Л.О., Палланш М.А.Молекулярная идентификация и характеристика двух предложенных новых серотипов энтеровирусов, EV74 и EV75. Джей Ген Вирол. 2004; 10:3205–3212. doi: 10.1099/vir.0.80148-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Oberste MS, Maher K, Nix WA, Michele SM, Uddin M, Schnurr D, al-Busaidy S, Akoua-Koffi C, Pallansch MA. Молекулярная идентификация 13 новых типов энтеровирусов, EV79-88, EV97 и EV100-101, представителей вида энтеровируса человека B. Virus Res. 2007; 10:34–42. doi: 10.1016/j.virusres.2007.04.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Лукашев А.Н. Роль рекомбинации в эволюции энтеровирусов. Преподобный Мед Вирол. 2005; 10: 157–167. doi: 10.1002/rmv.457. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Лукашев А.Н., Лашкевич В.А., Иванова О.Е., Королева Г.А., Хинкканен А.Е., Илонен Дж. Рекомбинация в циркулирующем энтеровирусе человека В: независимая эволюция структурных и неструктурных участков генома. Джей Ген Вирол. 2005; 10:3281–3290. doi: 10.1099/vir.0.81264-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Доминго Э., Мартин В., Пералес С., Эскармис С.Вирусы Коксаки и теория квазивидов: эволюция энтеровирусов. Курр Топ Микробиол Иммунол. 2008; 10:3–32. doi: 10.1007/978-3-540-75546-3_1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Racaniello VR. В: Вирусология Филдса. 5. Knipe DM, Howley PM, изд. Филадельфия, Пенсильвания: Липпинкотт Уильямс Уилкинс; 2011. Пикорнавирусы: вирусы и их репликация; стр. 795–838. [Google Scholar]
    • Служба здравоохранения Альберты. Рост заболеваемости энтеровирусами, вызывающими асептический менингит, этой весной и летом.http://www.alberthealthservices.ca/2350.asp.
    • Chang KH, Auvinen P, Hyypia T, Stanway G. Нуклеотидная последовательность вируса Коксаки A9; последствия для связывания рецепторов и классификации энтеровирусов. Джей Ген Вирол. 1989; 10 (часть 12): 3269–3280. [PubMed] [Google Scholar]
    • Лукашев А.Н., Лашкевич В.А., Иванова О.Е., Королева Г.А., Хинкканен А.Е., Илонен Дж. Рекомбинация в циркулирующих энтеровирусах. Дж Вирол. 2003; 10:10423–10431. doi: 10.1128/ОВИ.77.19.10423-10431.2003. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Perera D, Shimizu H, Yoshida H, Tu PV, Ishiko H, McMinn PC, Cardosa MJ.Сравнение областей VP1, VP2 и VP4 для молекулярного типирования энтеровирусов человека. J Med Virol. 2010;10:649–657. doi: 10.1002/jmv.21652. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Кубо Х., Иритани Н., Сето Ю. Молекулярная классификация энтеровирусов, не идентифицированных тестами нейтрализации. Эмердж Инфекция Дис. 2002; 10: 298–304. doi: 10.3201/eid0803.010200. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Al-Hello H, Paananen A, Eskelinen M, Ylipaasto P, Hovi T, Salmela K, Lukashev AN, Bobegamage S, Roivainen M.Штамм энтеровируса, выделенный от ребенка с диабетом, принадлежит к генетическому субкластеру эховируса 11, но также нейтрализуется монотипными антисыворотками к вирусу Коксаки А9. Джей Ген Вирол. 2008; 10:1949–1959. doi: 10.1099/vir.0.83474-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Abzug MJ. Представление, диагностика и лечение энтеровирусных инфекций у новорожденных. Педиатрические препараты. 2004; 10:1–10. doi: 10.2165/00148581-200406010-00001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Romero JR. В кн.: Клиническая вирусология.3. Ричман Д.Д., Уитли Р.Дж., Хейден Ф.Г., изд. Вашингтон: ASM Press; 2009. Энтеровирусы. [Google Scholar]
    • Андерсон Р.М., Мэй Р.М. Инфекционные болезни человека. Великобритания: Оксфордские научные публикации; 1991. [Google Scholar]
    • Santti J, Harvala H, Kinnunen L, Hyypia T. Молекулярная эпидемиология и эволюция вируса Коксаки A9. Джей Ген Вирол. 2000; 10:1361–1372. [PubMed] [Google Scholar]
    • Fox JD, Han S, Samuelson A, Zhang Y, Neale ML, Westmoreland D. Разработка и оценка амплификации на основе последовательности нуклеиновых кислот (NASBA) для диагностики энтеровирусных инфекций с использованием базового набора NucliSens.Джей Клин Вирол. 2002; 10: 117–130. doi: 10.1016/S1386-6532(01)00241-4. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Coiras MT, Aguilar JC, Garcia ML, Casas I, Perez-Brena P. Одновременное обнаружение четырнадцати респираторных вирусов в клинических образцах с помощью двух множественных анализов гнездовой ПЦР с обратной транскрипцией. J Med Virol. 2004; 10: 484–495. doi: 10.1002/jmv.20008. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Martino TA, Tellier R, Petric M, Irwin DM, Afshar A, Liu PP. Полная консенсусная последовательность вируса Коксаки B6 и создание инфекционных клонов с помощью длинной ОТ-ПЦР.Вирус Рез. 1999; 10:77–86. doi: 10.1016/S0168-1702(99)00081-7. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
    • Van de PY, De WR. Построение деревьев эволюционных расстояний с помощью TREECON для окон: учет различий в скорости замены нуклеотидов между сайтами. Вычислительное приложение Biosci. 1997; 10: 227–230. [PubMed] [Google Scholar]
    • Лоле К.С., Боллинджер Р.С., Паранджапе Р.С., Гадкари Д., Кулкарни С.С., Новак Н.Г., Ингерсолл Р., Шеппард Х.В., Рэй С.К. Полноразмерные геномы вируса иммунодефицита человека типа 1 от сероконвертеров, инфицированных субтипом С, в Индии, с признаками межсубтиповой рекомбинации.Дж Вирол. 1999; 10: 152–160. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]

    Черновая последовательность генома штамма A9 Microbacterium oleivorans, бактерии, выделенной из чернобыльской загрязненной радионуклидами почвы

    РЕФЕРАТ

    Здесь мы представляем черновую последовательность генома Microbacterium oleivorans. штамм A9, устойчивая к урану актинобактерия, выделенная из загрязненной радионуклидами почвы Чернобыльской зоны отчуждения. Он состоит из 22 контигов общей длиной 2 954 335 п.н. и содержит 2813 кодирующих последовательностей ДНК, один кластер генов рРНК и 45 генов тРНК.

    ОБЪЯВЛЕНИЕ О ГЕНОМЕ

    Представители рода Microbacterium представляют собой палочковидные, грамположительные и не образующие спор актинобактерии. Бактерии, родственные Microbacterium , по-видимому, распространены повсеместно, поскольку они были обнаружены в самых разных средах обитания, включая почву (1), отложения (2), воздух (3), морскую воду (4), растения (5), медуз ( 6), кишечник насекомых (7), пища (8), клинические образцы (9), загрязненная среда (10) и почвы, богатые радионуклидами (11). На момент написания этой статьи существует более 90 90 176 видов Microbacterium 90 177 с действительным названием (12) и 129 полных или черновых геномов (https://gold.jgi.doe.gov). Здесь мы сообщаем предварительную последовательность генома Microbacterium oleivorans штамма A9, который был выделен из образца почвы, загрязненного радионуклидами, взятого из траншеи T22 в Чернобыльской зоне отчуждения (13). Эта бактерия проявляет высокую толерантность к урану благодаря многочисленным механизмам детоксикации (14).

    Бактерии культивировали в LB при 32°C до поздней фазы экспоненциального роста, и из клеток выделяли высококачественную геномную ДНК с использованием набора DNeasy для крови и тканей (Qiagen) в соответствии с инструкциями производителя для грамположительных бактерий. .Качество очищенной ДНК проверяли с помощью спектрофотометра NanoDrop (Thermo Scientific). Геномную ДНК секвенировали на секвенирующей платформе HiSeq 2000 (Illumina) компании GenoScreen (Лилль, Франция). Сборка генома De novo выполнялась на считываниях с использованием ABySS (15).

    Всего было получено 18 500 514 прочтений со средней длиной прочтений 100 оснований. Эти чтения были собраны ассемблером в набор из 104 контигов для последовательности в общей сложности 2,99 Мбп, при этом оптимальный размер k-mer был установлен равным 64.Из этих 104 контигов были сохранены только 22 контига с длиной последовательности более 500 п.н. Самый большой контиг составлял 553 625 п.н., а параметр N 50 – 205 808 п.н. Размер генома оценивается в 2,95 Мпн. Согласно нашей сборке, содержание G+C составляло 68,33%, что соответствует филогенетическому положению Microbacterium в пределах филума Actinobacteria (16). Таксономическое отнесение на уровне вида было предоставлено NCBI с использованием средней идентичности нуклеотидов, как описано Federhen et al.(17). Аннотирование генома было выполнено с помощью NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (18), в котором сообщалось о предсказании 2813 генов, кодирующих белок, 15 псевдогенов, одного полного кластера рРНК, трех некодирующих РНК (нкРНК) и 45 генов тРНК. Аннотирование регуляторных белков было выполнено с использованием веб-сервера P2RP (19), который идентифицировал гены, кодирующие 58 белков двухкомпонентной системы (30 гистидинкиназ, 26 регуляторов ответа и две гистидинфосфотрансферазы) и 180 факторов транскрипции.

    Новый 15,6-дюймовый ноутбук HP с сенсорным экраном и двухъядерным процессором AMD A9

    Узнайте больше о наших определениях классификации состояния ноутбуков



    Ноутбук HP с сенсорным экраном диагональю 15,6 дюйма и двухъядерным процессором с тактовой частотой 3,1 ГГц

    Смотрите фильмы и шоу в высоком разрешении и работайте с комфортом на этом 15,6-дюймовом ноутбуке с большим сенсорным экраном и полноразмерной клавиатурой островного типа. Он также может похвастаться 8 ГБ системной памяти и быстрым процессором, обеспечивающим плавную и плавную работу.

    Сенсорный дисплей: управление в виде планшета

    Увеличивайте фотографии, переходите к следующей истории в новостных приложениях или играйте в мобильную игру на большом экране — и все это без использования клавиатуры или сенсорной панели. Сенсорный дисплей расширяет ваши возможности управления, предоставляя больше способов взаимодействия с приложениями и программами, поддерживающими сенсорные жесты. Для более традиционных задач, таких как ответы на электронные письма, вы можете вернуться к клавиатуре в любое время.

    ОС для современной машины

    Windows 10 сочетает в себе гибкость традиционной компьютерной операционной системы с интуитивно понятным интерфейсом мобильной ОС.Новый быстрый веб-браузер, магазин Windows Store с мультимедийными файлами и приложениями, а также персональный помощник Cortana предустановлены и помогают вам легко переходить к тому, что вы хотели бы увидеть или сделать. Если вы используете только сенсорный экран, в Windows 10 также есть специальный режим планшета, в котором все проще нажимать кончиком пальца.

    Твердотельный накопитель: скорость и надежность

    Встроенный твердотельный накопитель (SSD) выполняет те же функции, что и традиционный жесткий диск, но до 100 раз быстрее.В отличие от жестких дисков, твердотельные накопители не полагаются на движущиеся части для записи, хранения и извлечения данных; вместо этого они используют чипы флэш-памяти, которые могут загрузить ваш компьютер и запустить приложения за считанные секунды. Без движущихся частей твердотельные накопители также легче, занимают меньше места на вашем компьютере и менее подвержены повреждениям и потере данных из-за компьютерных ударов.

    Технические характеристики
    • Модель: 5SM45UA (бордовый), 5SL98UA (серебристый), 5SM36UA (золотой) или 5SL90UA (синий)
    • Операционная система: Windows 10 Домашняя (64-разрядная)
    • Экран: 15.6-дюймовый сенсорный экран SVA со светодиодной подсветкой WLED
    • Разрешение: 1366×768
    • Процессор: 3,1 ГГц AMD A9-9425 двухъядерный
    • GPU: встроенная графика AMD Radeon R5
    • ОЗУ: 8 ГБ DDR4 SDRAM
    • Хранилище: 128 ГБ SSD
    • Оптический привод: DVD-RW
    • Слот для карты памяти: многоформатная SD
    • Веб-камера: HP TrueVision HD
    • Аудио: встроенные стереодинамики и микрофон
    • Wi-Fi: 802.11b/g/n/ac
    • Bluetooth: 4.2
    • Порты: 1 HDMI 1.4b, 1 наушники/микрофон, 1 RJ-45, 1 USB 2.0, 2 USB 3.1 Gen 1
    • Батарея: 3-секционная литий-ионная призматическая емкостью 41 Втч
    • Срок службы батареи: до 10,25 часов
    • Вес: 3,9 фунта.
    • Размеры изделия: 14,8 x 9,7 x 0,9 дюйма
    • Состояние: новый
    • 1 год гарантии от HP

    По вопросам после покупки обращайтесь в службу поддержки.

    Просмотрите часто задаваемые вопросы о товарах, чтобы узнать больше.

    Паттерны метилирования ДНК указывают на общее клеточное происхождение вирус- и УФ-ассоциированной карциномы Меркеля из клеток

  • 1.

    Harms PW, Vats P, Verhaegen ME, Robinson DR, Wu YM, Dhanasekaran SM, et al. Отличительные мутационные спектры полиомавирус-негативной клеточной карциномы Меркеля. Рак Рез. 2015;75:3720–7.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 2.

    Хорни К., Герхардт П., Хебель-Черуни А., Вульбек С., Утикал Дж., Беккер Дж.К. Мутационный ландшафт клеточных линий клеточной карциномы Меркеля, ассоциированной с вирусом и УФ-излучением, сравним с опухолевой тканью.Раки. 2021;13:649.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 3.

    Knepper TC, Montesion M, Russell JS, Sokol ES, Frampton GM, Miller VA, et al. Геномный ландшафт клеточной карциномы Меркеля и клинико-геномные биомаркеры ответа на терапию ингибиторами иммунных контрольных точек. Клин Рак Рез. 2019;25:5961–71.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 4.

    Гарольд А., Амако Ю., Хачисука Дж., Бай Ю., Ли М.Ю., Кубат Л. и др. Преобразование Sox2-зависимой клеточной карциномы Меркеля в дифференцированный нейроноподобный фенотип путем ингибирования Т-антигена. Proc Natl Acad Sci USA. 2019;116:20104–14.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 5.

    Hesbacher S, Pfitzer L, Wiedorfer K, Angermeyer S, Borst A, Haferkamp S, et al. RB1 является важной мишенью большого Т-антигена полиомавируса клеток Меркеля в клетках карциномы клеток Меркеля.Онкотаргет. 2016;7:32956–68.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 6.

    Ниренберг А., Стейнман Х., Диксон Дж., Диксон А. Обновление клеточной карциномы Меркеля: случай двух опухолей. J Eur Acad Dermatol. 2020; 34: 1425–31.

    КАС Google Scholar

  • 7.

    Саншайн Дж. К., Джахчан Н. С., Сейдж Дж., Чой Дж. Существуют ли множественные клетки происхождения клеточной карциномы Меркеля? Онкоген.2018; 37: 1409–16.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 8.

    Pulitzer MP, Brannon AR, Berger MF, Louis P, Scott SN, Jungbluth AA, et al. Кожный плоскоклеточный и нейроэндокринный рак: генетически и иммуногистохимически отличается от карциномы Меркеля. Мод Патол. 2015;28:1023–32.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 9.

    Martincorena I, Roshan A, Gerstung M, Ellis P, Van Loo P, McLaren S, et al. Эволюция опухоли. Высокое бремя и повсеместный положительный отбор соматических мутаций в нормальной коже человека. Наука. 2015; 348:880–6.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 10.

    Kervarrec T, Appenzeller S, Samimi M, Sarma B, Sarosi EM, Berthon P, et al. Клеточная полиомавирус-отрицательная карцинома Меркеля, происходящая из плоскоклеточной карциномы in situ: кератиноцитарная опухоль с нейроэндокринной дифференцировкой.Джей Инвест Дерматол. 2021; 1:S0022-202X(21)02165-5, https://doi.org/10.1016/j.jid.2021.07.175. Epub перед печатью. PMID: 34480892.

  • 11.

    Liu W, Yang R, Payne AS, Schowalter RM, Spurgeon ME, Lambert PF, et al. Выявление клеток-мишеней и механизмов инфицирования полиомавирусом клеток Меркеля. Клеточный микроб-хозяин. 2016;19:775–87.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 12.

    Kervarrec T, Samimi M, Guyetant S, Sarma B, Cheret J, Blanchard E, et al.Гистогенез клеточной карциномы Меркеля: всесторонний обзор. Фронт Онкол. 2019;9:451.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 13.

    Bocchetta M, Di Resta I, Powers A, Fresco R, Tosolini A, Testa JR, et al. Мезотелиальные клетки человека необычайно чувствительны к опосредованной обезьяньим вирусом 40 трансформации и коканцерогенности асбеста. Proc Natl Acad Sci USA. 2000;97:10214–9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 14.

    Керваррек Т., Алджунди М., Аппенцеллер С., Самими М., Мобек Э., Крибье Б. и другие. Полиомавирус-позитивная карцинома из клеток Меркеля, полученная из трихобластомы, предполагает эпителиальное происхождение этой карциномы из клеток Меркеля. Джей Инвест Дерматол. 2020; 140: 976–85.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 15.

    Керваррек Т., Самими М., Хесбахер С., Бертон П., Вобсер М., Саллот А. и др. Т-антигены полиомавируса клеток Меркеля индуцируют дифференцировку, подобную клеткам Меркеля, в эпителиальных клетках, экспрессирующих GLI1.Раков (Базель). 2020;12:1989.

    КАС ПабМед Центральный Google Scholar

  • 16.

    Ким М., Костелло Дж. Метилирование ДНК: эпигенетический признак клеточной памяти. Эксп Мол Мед. 2017;49:e322.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 17.

    Моран С., Мартинес-Кардус А., Сайолс С., Мусулен Э., Балана С., Эстивал-Гонсалес А. и др. Эпигенетическое профилирование для классификации рака неизвестного происхождения: многоцентровый ретроспективный анализ.Ланцет Онкол. 2016;17:1386–95.

    ПабМед Google Scholar

  • 18.

    Hoadley KA, Yau C, Hinoue T, Wolf DM, Lazar AJ, Drill E, et al. Паттерны клеточного происхождения доминируют в молекулярной классификации 10 000 опухолей 33 типов рака. Клетка. 2018; 173: 291–304. e296

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 19.

    Hon GC, Rajagopal N, Shen Y, McCleary DF, Yue F, Dang MD, et al.Эпигенетическая память на эмбриональных энхансерах, идентифицированных на картах метилирования ДНК тканей взрослых мышей. Нат Жене. 2013;45:1198–206.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 20.

    Родригес-Паредес М., Борманн Ф., Раддац Г., Гутекунст Дж., Лусена-Порсель С., Колер Ф. и др. Профилирование метилирования идентифицирует два подкласса плоскоклеточной карциномы, связанные с различными клетками происхождения. Нац коммун. 2018;9:577.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 21.

    Gravemeyer J, Lange A, Ritter C, Spassova I, Song L, Picard D, et al. Клеточные линии классической и вариантной клеточной карциномы Меркеля демонстрируют различную степень нейроэндокринной дифференцировки и эпителиально-мезенхимального перехода. Джей Инвест Дерматол. 2021;141:1675.e1674.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 22.

    Degli Esposti D, Sklias A, Lima SC, Beghelli-de la Forest Divonne S, Cahais V, Fernandez-Jimenez N, et al. Уникальная сигнатура метилирования ДНК в плоскоклеточных карциномах головы и шеи с положительной реакцией на ВПЧ.Геном Мед. 2017;9:33.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 23.

    Vire E, Brenner C, Deplus R, Blanchon L, Fraga M, Didelot C, et al. Белок группы Polycomb EZh3 непосредственно контролирует метилирование ДНК. Природа. 2006; 439:871–4.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 24.

    Шаулян Э., Карин М. AP-1 в пролиферации и выживании клеток. Онкоген.2001;20:2390–2400.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 25.

    Альхарби Р.А., Петтенджелл Р., Пандха Х.С., Морган Р. Роль генов НОХ в нормальном кроветворении и остром лейкозе. Лейкемия. 2013;27:1000–8.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 26.

    Тей С., Сайтох Н., Фунахара Т., Иида С., Накацу Ю., Киношита К. и др. Обезьяний вирус 40 большой Т-антиген нацелен на белок TACC2, стабилизирующий микротрубочки.Дж. Клеточные науки. 2009; 122:3190–8.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 27.

    Laga AC, Lai CY, Zhan Q, Huang SJ, Velazquez EF, Yang Q, et al. Экспрессия фактора транскрипции эмбриональных стволовых клеток SOX2 в коже человека: отношение к биологии меланоцитов и клеток Меркеля. Ам Джей Патол. 2010;176:903–13.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 28.

    Лило МТ, Чен Ю, Леблан РЭ. INSM1 более чувствителен и интерпретируем, чем обычные иммуногистохимические окраски, используемые для диагностики карциномы клеток Меркеля. Ам Дж. Сург Патол. 2018;42:1541–8.

    ПабМед Google Scholar

  • 29.

    Тенджин Ю., Мацуура К., Кудох С., Усуки С., Ямада Т., Мацуо А. и др. Различные программы транскрипции SOX2 при различных типах мелкоклеточного рака легкого. Лаборатория Инвест. 2020; 100: 1575–88.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 30.

    Ferone G, Lee MC, Sage J, Berns A. Клетки происхождения рака легких: уроки исследований на мышах. Гены Дев. 2020;34:1017–32.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 31.

    Fisseler-Eckhoff A, Demes M. Нейроэндокринные опухоли легких. Раков (Базель). 2012; 4: 777–98.

    КАС Google Scholar

  • 32.

    Alcantara Llaguno SR, Parada LF.Клетка происхождения глиомы: биологические и клинические последствия. Бр Дж Рак. 2016; 115:1445–50.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 33.

    Matthay KK, Maris JM, Schleiermacher G, Nakagawara A, Mackall CL, Diller L, et al. Нейробластома. Nat Rev Dis Prim. 2016;2:16078.

    ПабМед Google Scholar

  • 34.

    Guo HY, Ci XP, Ahmed M, Hua JT, Soares F, Lin D, et al.ONECUT2 является движущей силой нейроэндокринного рака предстательной железы. Нац коммун. 2019;10:278.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 35.

    Fehrmann RS, Karjalainen JM, Krajewska M, Westra HJ, Maloney D, Simeonov A, et al. Анализ экспрессии генов определяет глобальную чувствительность дозы генов при раке. Нат Жене. 2015;47:115–25.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 36.

    Battafarano RJ, Fernandez FG, Ritter J, Meyers BF, Guthrie TJ, Cooper JD, et al. Крупноклеточная нейроэндокринная карцинома: агрессивная форма немелкоклеточного рака легкого. J Торак Кардиов Сур. 2005; 130:166–72.

    Google Scholar

  • 37.

    Bhattacharjee A, Richards WG, Staunton J, Li C, Monti S, Vasa P, et al. Классификация карцином легких человека по профилю экспрессии мРНК выявляет различные подклассы аденокарциномы. Proc Natl Acad Sci USA.2001;98:13790–5.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 38.

    Ян В., Вистуба И.И., Эммерт-Бак М.Р., Эриксон Х.С. Плоскоклеточный рак – сходства и различия анатомических локализаций. Am J Рак Res. 2011; 1: 275–300.

    ПабМед Google Scholar

  • 39.

    Augsburger D, Nelson PJ, Kalinski T, Udelnow A, Knosel T, Hofstetter M, et al.Текущая диагностика и лечение фибросаркомы – перспективы будущих терапевтических целей и стратегий. Онкотаргет. 2017;8:104638–53.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 40.

    Тирод Ф., Лод-Дюваль К., Приер А., Делорм Б., Чарборд П., Делаттре О. Особенности мезенхимальных стволовых клеток опухолей Юинга. Раковая клетка. 2007; 11: 421–9.

    КАС Google Scholar

  • 41.

    Town J, Pais H, Harrison S, Stead LF, Bataille C, Bunjobpol W и др. Изучение поверхности саркомы Юинга определяет новую и уникальную терапевтическую мишень. Proc Natl Acad Sci USA. 2016; 113:3603–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 42.

    Balanis NG, Sheu KM, Esedebe FN, Patel SJ, Smith BA, Park JW, et al. Конвергенция панрака к мелкоклеточному нейроэндокринному фенотипу, который имеет общую восприимчивость с гематологическими злокачественными новообразованиями.Раковая клетка. 2019;36:17–34.e17.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 43.

    Хайнц С., Романоски К.Э., Беннер К., Гласс К.К. Отбор и функция энхансеров, специфичных для клеточного типа. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015;16:144–54.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 44.

    Островски С.М., Райт М.С., Болок А.М., Ген Х, Маричич С.М.Эктопическая экспрессия Atoh2 управляет продукцией клеток Меркеля в эмбриональном, постнатальном и эпидермисе взрослых мышей. Разработка. 2015; 142:2533–44.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 45.

    Fan K, Gravemeyer J, Ritter C, Rasheed K, Gambichler T, Moens U, et al. MCPyV, индуцированный большим Т-антигеном, атональный гомолог 1 (ATOh2) представляет собой онкоген, зависящий от клона, при карциноме из клеток Меркеля. Джей Инвест Дерматол. 2020;140:56–65.e53.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 46.

    Park DE, Cheng J, McGrath JP, Lim MY, Cushman C, Swanson SK, et al. Полиомавирус клеток Меркеля активирует опосредованную LSD1 блокаду неканонического BAF, чтобы регулировать трансформацию и онкогенез. Nat Cell Biol. 2020; 22: 603–15.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 47.

    Фавиана П., Маркончини Р., Риччи С., Галли Л., Липполис П., Фарси Ф. и др. Экспрессия EZh3 в нейроэндокринных опухолях кишечника. Appl Immunohisto M M.2019;27:689–93.

    КАС Google Scholar

  • 48.

    Harms KL, Chubb H, Zhao LL, Fullen DR, Bichakjian CK, Johnson TM, et al. Повышенная экспрессия EZh3 при карциноме из клеток Меркеля связана с прогрессированием заболевания и более неблагоприятным прогнозом. Хум Патол. 2017;67:78–84.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 49.

    Zhang Y, Zheng DY, Zhou T, Song HP, Hulsurkar M, Su N, et al.Депривация андрогенов способствует нейроэндокринной дифференцировке и ангиогенезу через путь CREB-EZh3-TSP1 при раке предстательной железы. Нац коммун. 2018;9:4080.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 50.

    Cao R, Zhang Y. SUZ12 необходим как для активности гистонметилтрансферазы, так и для функции молчания комплекса EED-EZh3. Мол Ячейка. 2004; 15:57–67.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 51.

    Cha TL, Zhou BP, Xia W, Wu Y, Yang CC, Chen CT, et al. Akt-опосредованное фосфорилирование EZh3 подавляет метилирование лизина 27 в гистоне h4. Наука. 2005; 310: 306–10.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 52.

    Хан С.Н., Янковска А.М., Махфуз Р., Данбар А.Дж., Сугимото Ю., Хосоно Н. и др. Множественные механизмы дерегулируют эпигенетические изменения EZh3 и гистона h4 лизина 27 при миелоидных злокачественных опухолях. Лейкемия. 2013; 27:1301–9.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 53.

    Ту Дж., Хо З., Джингольд Дж., Чжао Р., Шен Дж., Ли Д.Ф. Гистогенез саркомы Юинга. 2017 г.; 1:10.15761.

    Google Scholar

  • 54.

    Берд А. Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память. Гены Дев. 2002; 16:6–21.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 55.

    Park JW, Lee JK, Sheu KM, Wang L, Balanis NG, Nguyen K, et al. Перепрограммирование нормальных эпителиальных тканей человека в обычную смертельную линию нейроэндокринного рака.Наука. 2018; 362:91–95.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 56.

    Gujar H, Mehta A, Li HT, Tsai YNC, Qiu XN, Weisenberger DJ и др. Характеристика сигнатур метилирования ДНК и их потенциальной функциональной роли в карциноме клеток Меркеля. Геном Мед. 2021;13:130.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 57.

    Harms PW, Verhaegen ME, Vo JN, Tien JC, Pratt D, Su F, et al.Вирусный статус предсказывает закономерности метилирования генома и реакции на децитабин при карциноме клеток Меркеля. Джей Инвест Дерматол. 2021 30:S0022-202X(21)02163-1, https://doi.org/10.1016/j.jid.2021.07.173. Epub перед печатью. PMID: 34474081.

  • 58.

    Verhaegen ME, Mangelberger D, Weick JW, Vozheiko TD, Harms PW, Nash KT, et al. Зависимость карциномы Меркеля от членов семейства bcl-2 для выживания. Джей Инвест Дерматол. 2014; 134:2241–50.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 59.

    Максимович Дж., Фипсон Б., Ошлак А. Рабочий процесс биопроводника с несколькими пакетами для анализа данных массива метилирования. F1000рез. 2016;5:1281.

    ПабМед Google Scholar

  • 60.

    Ritchie ME, Phipson B, Wu D, Hu Y, Law CW, Shi W, et al. limma обеспечивает анализ дифференциальной экспрессии для секвенирования РНК и исследований микрочипов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2015;43:e47.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 61.

    Sheffield NC, Bock C. LOLA: анализ обогащения наборов геномных регионов и регуляторных элементов в R и Bioconductor. Биоинформатика. 2016; 32: 587–9.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 62.

    Фипсон Б., Максимович Дж., Ошлак А. missMethyl: пакет R для анализа данных с платформы HumanMethylation450 компании Illumina. Биоинформатика. 2016; 32: 286–8.

    КАС пабмед Google Scholar

  • Что такое CRISPR-Cas9? | Факты

    CRISPR-Cas9 — это инструмент для редактирования генома, который наделал много шума в научном мире.Это быстрее, дешевле и точнее, чем предыдущие методы редактирования ДНК, и имеет широкий спектр потенциальных применений.

    Что такое CRISPR-Cas9?

    • CRISPR-Cas9 — это уникальная технология, которая позволяет генетикам и исследователям-медикам редактировать части генома, удаляя, добавляя или изменяя участки последовательности ДНК.
    • В настоящее время это самый простой, универсальный и точный метод генетических манипуляций, поэтому он вызывает ажиотаж в научном мире.

    Как это работает?

    • Система CRISPR-Cas9 состоит из двух ключевых молекул, которые вносят изменения (мутации) в ДНК. Это:
      • фермент под названием Cas9. Это действует как пара «молекулярных ножниц», которые могут разрезать две нити ДНК в определенном месте генома, чтобы затем можно было добавлять или удалять фрагменты ДНК.
      • часть РНК, называемая направляющей РНК (гРНК). Он состоит из небольшого фрагмента предварительно сконструированной последовательности РНК (длиной около 20 оснований), расположенного внутри более длинного каркаса РНК.Каркасная часть связывается с ДНК, а заранее разработанная последовательность «направляет» Cas9 в нужную часть генома. Это гарантирует, что фермент Cas9 врезается в нужную точку генома.
    • Направляющая РНК предназначена для поиска и связывания определенной последовательности ДНК. Направляющая РНК имеет основания РНК, комплементарные основаниям целевой последовательности ДНК в геноме. Это означает, что, по крайней мере теоретически, направляющая РНК будет связываться только с последовательностью-мишенью и никакими другими областями генома.
    • Cas9 следует за направляющей РНК в то же место в последовательности ДНК и разрезает обе нити ДНК.
    • На этом этапе клетка распознает, что ДНК повреждена, и пытается ее восстановить.
    • Ученые могут использовать механизм восстановления ДНК для внесения изменений в один или несколько генов в геном интересующей клетки.

    Схема, показывающая, как работает инструмент редактирования CRISPR-Cas9. Изображение предоставлено: Genome Research Limited.

    Как он был разработан?

    • Некоторые бактерии имеют встроенную систему редактирования генов, аналогичную системе CRISPR-Cas9, которую они используют для реагирования на вторгающиеся патогены, такие как вирусы, во многом подобно иммунной системе.
    • Используя CRISPR, бактерии вырезают части вирусной ДНК и оставляют часть ее позади, чтобы помочь им распознать вирус и защититься от него в следующий раз, когда он атакует.
    • Ученые адаптировали эту систему, чтобы ее можно было использовать в других клетках животных, включая мышей и людей.

    Какие еще существуют методы изменения генов?

    • На протяжении многих лет ученые изучали генетику и функции генов, изучая последствия изменений в ДНК.
    • Если вы можете создать изменение в гене, либо в клеточной линии, либо во всем организме, можно затем изучить эффект этого изменения, чтобы понять, какова функция этого гена.
    • Долгое время генетики использовали химические вещества или радиацию, чтобы вызывать мутации. Однако у них не было возможности контролировать, где в геноме произойдет мутация.
    • В течение нескольких лет ученые использовали «нацеливание на гены» для внесения изменений в определенные участки генома путем удаления или добавления целых генов или отдельных оснований.
    • Традиционное нацеливание на гены оказалось очень ценным для изучения генов и генетики, однако для создания мутации требуется много времени и это довольно дорого.
    • Недавно было разработано несколько технологий «редактирования генов» для улучшения методов нацеливания на гены, включая системы CRISPR-Cas, эффекторные нуклеазы, подобные активаторам транскрипции (TALEN) и нуклеазы с цинковыми пальцами (ZFN).
    • Система CRISPR-Cas9 в настоящее время выделяется как самая быстрая, дешевая и самая надежная система для «редактирования» генов.

    Каковы приложения и последствия?

    • CRISPR-Cas9 обладает большим потенциалом в качестве инструмента для лечения ряда заболеваний с генетическим компонентом, включая рак, гепатит В или даже высокий уровень холестерина.
    • Многие из предлагаемых приложений включают редактирование геномов соматических (не репродуктивных) клеток, но существует большой интерес и споры о возможности редактирования зародышевых (репродуктивных) клеток.
    • Поскольку любые изменения, происходящие в клетках зародышевой линии, будут передаваться из поколения в поколение, это имеет важные этические последствия.
    • Проведение редактирования генов в клетках зародышевой линии в настоящее время является незаконным в Великобритании и большинстве других стран.
    • Напротив, использование CRISPR-Cas9 и других технологий редактирования генов в соматических клетках не вызывает сомнений. Действительно, они уже использовались для лечения заболеваний человека в небольшом числе исключительных и/или опасных для жизни случаев.

    Сперматозоид и яйцеклетка. Проведение редактирования генов в клетках зародышевой линии в настоящее время является незаконным в Великобритании. Изображение предоставлено: Shutterstock

    Каково будущее CRISPR-Cas9?

    • Скорее всего, пройдет много лет, прежде чем CRISPR-Cas9 станет рутинно использоваться у людей.
    • Многие исследования по-прежнему сосредоточены на его использовании на животных моделях или изолированных клетках человека с целью в конечном итоге использовать эту технологию для рутинного лечения заболеваний у людей.
    • Проводится много работы по устранению «нецелевых» эффектов, когда система CRISPR-Cas9 врезается в ген, отличный от того, который предназначался для редактирования.

    Лучшее нацеливание на CRISPR-Cas9

    • В большинстве случаев направляющая РНК состоит из определенной последовательности из 20 оснований.Они комплементарны целевой последовательности в редактируемом гене. Однако не все 20 оснований должны совпадать, чтобы направляющая РНК могла связываться.
    • Проблема в том, что последовательность, например, с 19 из 20 комплементарных оснований, может существовать где-то в совершенно другом месте генома. Это означает, что направляющая РНК может связываться с ней вместо последовательности-мишени или так же, как и с последовательностью-мишенью.
    • Затем фермент Cas9 будет разрезаться не в том месте и, в конечном итоге, вызовет мутацию в неправильном месте.Хотя эта мутация может вообще не иметь значения для человека, она может повлиять на ключевой ген или другую важную часть генома.
    • Ученые стремятся найти способ гарантировать точное связывание и разрезание CRISPR-Cas9. Этого можно достичь двумя способами: 
      • путем разработки более совершенных, более специфичных направляющих РНК с использованием наших знаний о последовательности ДНК генома и «нецелевого» поведения различных версий комплекса Cas9-гРНК.
      • использование фермента Cas9, который разрезает только одну цепь ДНК-мишени, а не двойную.Это означает, что два фермента Cas9 и две направляющие РНК должны находиться в одном и том же месте, чтобы разрез был сделан. Это снижает вероятность того, что разрез будет сделан не в том месте.

    Эта страница последний раз обновлялась 25 октября 2021 г.

    Доказательная база биомаркеров циркулирующей опухолевой ДНК на основе крови для раннего выявления рака: обзор систематического картирования | BMC Cancer

  • 1.

    McPhail S, et al. Стадия постановки диагноза и ранняя смертность от рака в Англии.Бр Дж Рак. 2015;112 Приложение 1:S108–15.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 2.

    Даффи М.Дж. Онкомаркеры в клинической практике: обзор, посвященный распространенным солидным ракам. Медицинская практика. 2013;22(1):4–11.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 3.

    Ханахан Д., Вайнберг Р.А. Отличительные признаки рака: следующее поколение. Клетка. 2011;144(5):646–74.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 4.

    Кри И.А. Улучшенные анализы крови для скрининга рака: общие или специфические? БМК Рак. 2011;11:499.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 5.

    Ло Ю.М. и др. Наличие ДНК плода в материнской плазме и сыворотке. Ланцет. 1997;350(9076):485–7.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 6.

    Джонсон П.Дж., Ло Ю.М. Нуклеиновые кислоты плазмы в диагностике и лечении злокачественных заболеваний. Клин Хим. 2002;48(8):1186–93.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 7.

    Lou X, et al. Новый метод ПЦР в реальном времени на основе Alu для количественного определения циркулирующей в плазме бесклеточной ДНК: чувствительность и специфичность для диагностики инфаркта миокарда. Int J Mol Med. 2015;35(1):72–80.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 8.

    Сваруп В., Раджесвари М.Р. Циркулирующие (бесклеточные) нуклеиновые кислоты — многообещающий неинвазивный инструмент для раннего выявления ряда заболеваний человека. ФЭБС лат. 2007;581(5):795–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 9.

    Ло Ю.М. Неинвазивная пренатальная диагностика: от мечты к реальности. Клин Хим. 2015;61(1):32–7.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 10.

    Зонта Э., Низард П., Тали В. Оценка целостности ДНК, приложения для исследования рака. Adv Clin Chem. 2015;70:197–246.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 11.

    Ло Ю.М. и др. Секвенирование ДНК материнской плазмы позволяет выявить полногеномный генетический и мутационный профиль плода. Sci Transl Med. 2010;2(61):61ra91.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 12.

    Heitzer E, et al. Установление опухолеспецифических изменений числа копий ДНК плазмы больных раком. Инт Джей Рак. 2013;133(2):346–56.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 13.

    Uttley L, et al. Создание доказательной базы биомаркеров на основе крови для раннего выявления рака: быстрый систематический обзор карт. ЭБиоМедицина. 2016;10:164–73.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 14.

    П. К. и др. Обнаружение амплификации HER2 в циркулирующей свободной ДНК у больных раком молочной железы. Бр Дж Рак. 2011;104(8):1342–8.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 15.

    Киркизлар Э. и др. Обнаружение клональных и субклональных вариантов числа копий в бесклеточной ДНК пациентов с раком молочной железы с использованием методологии массовой мультиплексной ПЦР. Перевод Онкол. 2015;8(5):407–16.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 16.

    Bettegowda C, et al. Обнаружение циркулирующей опухолевой ДНК на ранних и поздних стадиях злокачественных новообразований человека. Sci Transl Med. 2014;6(224):224ra24.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 17.

    Aung KL, et al. Аналитическая валидация тестирования мутаций BRAF из циркулирующей свободной ДНК с использованием системы тестирования рефрактерных к амплификации мутаций. J Мол Диагн. 2014;16(3):343–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 18.

    Board, R.E., et al., Обнаружение мутаций PIK3CA в циркулирующей свободной ДНК у пациентов с раком молочной железы . Лечение рака груди, 2010. 120(2): с. 461–467.

  • 19.

    Madhavan D, et al. Целостность ДНК плазмы как биомаркер первичного и метастатического рака молочной железы и потенциальный маркер для ранней диагностики. Лечение рака молочной железы. 2014;146(1):163–74.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 20.

    Мид Р. и др. Циркулирующие опухолевые маркеры могут определять пациентов с нормальной толстой кишкой, доброкачественными полипами и раком. Бр Дж Рак. 2011;105(2):239–45.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 21.

    Tabernero J, et al. Анализ циркулирующей ДНК и белковых биомаркеров для прогнозирования клинической активности регорафениба и оценки прогноза у пациентов с метастатическим колоректальным раком: ретроспективный исследовательский анализ исследования CORRECT.Ланцет Онкол. 2015;16(8):937–48.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 22.

    Agostini M, et al. Циркулирующая внеклеточная ДНК: многообещающий маркер метастазов в регионарные лимфоузлы у больных раком молочной железы. Биомарк рака. 2012;11(2–3):89–98.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 23.

    Hao TB, et al. Циркулирующая внеклеточная ДНК в сыворотке как биомаркер для диагностики и прогностического прогнозирования колоректального рака.Бр Дж Рак. 2014;111(8):1482–9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 24.

    Zane M, et al. Циркулирующая внеклеточная ДНК, гиперметилирование SLC5A8 и SLC26A4, BRAF(V600E): панель неинвазивных инструментов для раннего выявления рака щитовидной железы. Биомед Фармаколог. 2013;67(8):723–30.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 25.

    Сикора К. и др. Оценка внеклеточной ДНК как биомаркера злокачественных новообразований поджелудочной железы. Маркеры Int J Biol. 2014: e136–41.

  • 26.

    Гонг Б. и др. Внеклеточная ДНК в крови является потенциальным диагностическим биомаркером рака молочной железы. Онкол Летт. 2012;3(4):897–900.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 27.

    Zhong XY, et al. Повышенный уровень внеклеточной ДНК плазмы связан с раком молочной железы.Arch Gynecol Obstet. 2007;276(4):327–31.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 28.

    Seefeld M, et al. Параллельная оценка циркулирующей внеклеточной ДНК с помощью ПЦР и нуклеосом с помощью ИФА в опухолях молочной железы. Маркеры Int J Biol. 2008;23(2):69–73.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 29.

    Zanetti-Dallenbach RA, et al. Уровни циркулирующей бесклеточной сывороточной ДНК при доброкачественных и злокачественных поражениях молочной железы.Маркеры Int J Biol. 2007;22(2):95–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 30.

    Perrone F, et al. Циркуляция свободной ДНК в программе скрининга для раннего выявления колоректального рака. Тумори. 2014;100(2):115–21.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 31.

    Divella R, et al. PAI-1, t-PA и циркулирующая ДНК hTERT в связи с вирусной инфекцией при канцерогенезе печени.Противораковый Рез. 2008;28(1А):223–8.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 32.

    Yang YJ, et al. Количественное определение ДНК hTERT в плазме у пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой с помощью количественной флуоресцентной полимеразной цепной реакции. Клин Инвест Мед. 2011;34(4):E238.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 33.

    Мазурек А.М. и др. Оценка общей вкДНК и обнаружение ВПЧ16/18 в образцах плазмы больных плоскоклеточным раком головы и шеи.Оральный онкол. 2016;54:36–41.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 34.

    Metz CH, et al. Сверхглубокое секвенирование выявляет мутации GNAQ и GNA11 в бесклеточной ДНК из плазмы пациентов с увеальной меланомой. Рак Мед. 2013;2(2):208–15.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 35.

    Бенешова Л. и др. Выявление и мониторинг бесклеточной опухолевой ДНК в периферической крови онкологических больных на основе мутаций.Анальная биохимия. 2013;433(2):227–34.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 36.

    Crowley E, et al. Жидкая биопсия: мониторинг онкогенетики в крови. Nat Rev Clin Oncol. 2013;10(8):472–84.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 37.

    Salvi S, et al. Внеклеточная ДНК как диагностический маркер рака: современные идеи. Onco нацеливается на Ther.2016;9:6549–59.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 38.

    Cree IA, et al. Руководство для лабораторий, выполняющих молекулярную патологию у онкологических больных. Джей Клин Патол. 2014;67(11):923–31.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 39.

    Боссайт П.М., и др. STARD 2015: обновленный список основных элементов для отчетов об исследованиях точности диагностики.Клин Хим. 2015;61(12):1446–52.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 40.

    Ladabaum U, et al. Скрининг колоректального рака с помощью биомаркеров на основе крови: экономическая эффективность метилированной ДНК септина 9 по сравнению с текущими стратегиями. Рак Эпидемиол Биомарк Пред. 2013;22(9):1567–76.

    Артикул Google Scholar

  • 41.

    Heitzer E, Ulz P, Geigl JB.Циркулирующая опухолевая ДНК как жидкая биопсия при раке. Клин Хим. 2015;61(1):112–23.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 42.

    Курихара С. и др. Циркулирующая свободная ДНК как неинвазивный диагностический биомаркер солидных опухолей у детей. J Pediatr Surg. 2015;50(12):2094–207.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 43.

    Kurtz DM, et al. Неинвазивный мониторинг диффузной крупноклеточной В-клеточной лимфомы с помощью высокопроизводительного секвенирования иммуноглобулинов.Кровь. 2015;125(24):3679–87.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 44.

    Newman AM, et al. Сверхчувствительный метод количественного определения циркулирующей опухолевой ДНК с широким охватом пациентов. Нат Мед. 2014;20(5):548–54.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 45.

    Belic J, et al. Быстрая идентификация образцов ДНК плазмы с повышенным уровнем ctDNA с помощью модифицированного подхода FAST-SeqS.Клин Хим. 2015;61(6):838–49.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 46.

    Andersen RF, et al. Улучшена чувствительность измерения циркулирующей опухолевой ДНК с использованием коротких ПЦР-ампликонов. Клин Чим Акта. 2015; 439:97–101.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 47.

    Ellinger J, et al. Гиперметилирование CpG-островков бесклеточной циркулирующей сывороточной ДНК у пациентов с раком яичка.Дж Урол. 2009;182(1):324–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 48.

    Martinez-Galan J, et al. Количественное обнаружение метилированных промоторов генов ESR1 и 14-3-3-sigma в сыворотке крови в качестве биомаркеров-кандидатов для диагностики рака молочной железы и оценки эффективности лечения. Рак Биол Тер. 2008;7(6):958–65.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 49.

    Кристенсен Л.С. и др. Профилирование метилирования нормальных людей выявляет мозаичное метилирование промоторов генов, связанных с раком. Онкотаргет. 2012;3(4):450–61.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 50.

    Стр. K, et al. Влияние обработки плазмы на восстановление и анализ циркулирующих нуклеиновых кислот. ПЛОС Один. 2013;8(10):e77963.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 51.

    Сорбер Л. и др. Сравнение наборов для выделения бесклеточной ДНК: выделение и количественное определение бесклеточной ДНК в плазме. J Мол Диагн. 2017;19(1):162–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 52.

    Де Маттос-Арруда Л. и др. Циркулирующая опухолевая ДНК, полученная из спинномозговой жидкости, лучше представляет геномные изменения опухолей головного мозга, чем плазма. Нац коммун. 2015;6:8839.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 53.

    Табак Б., Саха С., Хун Д.С. Сравнительный анализ опухолевой ДНК мезентериальной и периферической крови у больных колоректальным раком. Энн Н.Ю. Академия наук. 2006; 1075:197–203.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 54.

    Uchida J, et al. Диагностическая точность неинвазивного генотипирования EGFR у больных раком легкого путем глубокого секвенирования ДНК вне плазматических клеток. Клин Хим. 2015;61(9):1191–6.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 55.

    Fernandez-Cuesta L, et al. Идентификация циркулирующей опухолевой ДНК для раннего выявления мелкоклеточного рака легкого. ЭБиоМедицина. 2016;10:117–23.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 56.

    Warton K, Samimi G. Метилирование бесклеточной циркулирующей ДНК в диагностике рака. Фронт Мол Биоски. 2015;2:13.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 57.

    Пейн СР. От открытия до клиники: новый биомаркер метилирования ДНК (m)SEPT9 для обнаружения колоректального рака в крови. Эпигеномика. 2010;2(4):575–85.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 58.

    Church TR, et al. Проспективная оценка метилированного SEPT9 в плазме для выявления бессимптомного колоректального рака. Кишка. 2014;63(2):317–25.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 59.

    Поттер NT и др. Валидация качественного анализа на основе ПЦР в реальном времени для обнаружения метилированной ДНК SEPT9 в плазме человека. Клин Хим. 2014;60(9):1183–91.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 60.

    Toth K, et al. Циркадный ритм метилированного септина 9, количества внеклеточной ДНК и онкомаркеров у больных колоректальным раком. Патол Онкол Рез. 2016;

  • 61.

    Zhao QT, et al. Диагностическая ценность метилирования ДНК SHOX2 при раке легкого: метаанализ.Onco нацеливается на Ther. 2015;8:3433–9.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 62.

    Бегум С. и др. Панель эпигенетических маркеров для обнаружения рака легкого с использованием ДНК бесклеточной сыворотки. Клин Рак Рез. 2011;17(13):4494–503.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 63.

    Yi JM, et al. Новая панель биомаркеров метилирования для раннего выявления рака поджелудочной железы.Клин Рак Рез. 2013;19(23):6544–55.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 64.

    Diehl F, et al. Выявление и количественная оценка мутаций в плазме больных колоректальными опухолями. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(45):16368–73.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 65.

    Lin JK, et al.Клиническая значимость изменений количества и качества ДНК плазмы у больных колоректальным раком: на основе спектров мутаций, обнаруженных в первичных опухолях. Ann Surg Oncol, 2014 21 Suppl . 4: S680–6.

  • 66.

    Wang JY, et al. Молекулярное обнаружение мутаций APC, K-ras и p53 в сыворотке больных колоректальным раком в качестве циркулирующих биомаркеров. Мир J Surg. 2004;28(7):721–6.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 67.

    Чжан Кью и др. Мультиплексный ПЦР-анализ, специфичный к метилированию, для выявления рака яичников на ранней стадии с использованием ДНК бесклеточной сыворотки. Гинекол Онкол. 2013;130(1):132–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 68.

    Hauser S, et al. Гиперметилирование ДНК в сыворотке крови у больных раком почки: результаты проспективного исследования. Противораковый Рез. 2013;33(10):4651–6.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 69.

    Радпур Р. и др. Гиперметилирование генов-супрессоров опухолей, участвующих в критических регуляторных путях для разработки теста на основе крови при раке молочной железы. ПЛОС Один. 2011;6(1):e16080.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 70.

    Zhang Y, et al. Метилирование нескольких генов в качестве биомаркера-кандидата при немелкоклеточном раке легкого. Рак Летт. 2011;303(1):21–8.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 71.

    Скрыпкина И. и др. Концентрация и метилирование внеклеточной ДНК плазмы крови как диагностические маркеры рака почки. Дис маркеры. 2016;2016:3693096.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 72.

    Pack SC, et al. Полезность эпигенетических изменений в плазме пяти основных генов, участвующих в патогенезе колоректального рака. Int J Color Dis. 2013;28(1):139–47.

    Артикул Google Scholar

  • 73.

    Сикора К. и др. Оценка внеклеточной ДНК как биомаркера злокачественных новообразований поджелудочной железы. Маркеры Int J Biol. 2015;30(1):e136–41.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 74.

    Hsu HS, et al. Характеристика панели множественных эпигенетических маркеров для обнаружения рака легкого и оценки риска в плазме. Рак. 2007;110(9):2019–26.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 75.

    Куро С. и др. Неинвазивная диагностика требующих принятия мер мутаций путем глубокого секвенирования циркулирующей свободной ДНК при раке легких у никогда не куривших: исследование, подтверждающее концепцию, проведенное BioCAST/IFCT-1002. Клин Рак Рез. 2014;20(17):4613–24.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 76.

    Hyman DM, et al. Проспективное слепое исследование обнаружения мутации BRAFV600E во внеклеточной ДНК пациентов с системными гистиоцитарными заболеваниями.Рак Дисков. 2015;5(1):64–71.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 77.

    Thierry AR, et al. Клиническая проверка обнаружения мутаций KRAS и BRAF в циркулирующей опухолевой ДНК. Нат Мед. 2014;20(4):430–5.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 78.

    Kim BH, et al. Обнаружение мутации BRAF(V600E) в плазме связано с метастазированием в легкие при папиллярных карциномах щитовидной железы.Yonsei Med J. 2015;56(3):634–40.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 79.

    Шарма Г. и др. Клиническое значение гиперметилирования промотора генов репарации ДНК в опухолевой и сывороточной ДНК у пациентов с инвазивной протоковой карциномой молочной железы. Жизнь наук. 2010;87(3–4):83–91.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 80.

    Ibanez de Caceres I, et al.Специфическое для опухолевых клеток гиперметилирование BRCA1 и RASSF1A в сыворотке, плазме и перитонеальной жидкости у пациентов с раком яичников. Рак Рез. 2004;64(18):6476–81.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 81.

    Мельников А. и др. Дифференциальный профиль метилирования рака яичников в тканях и плазме. J Мол Диагн. 2009;11(1):60–5.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 82.

    Liggett, T.E., et al., Характерные паттерны метилирования ДНК бесклеточной ДНК плазмы у женщин со злокачественными опухолями яичников . Gynecol Oncol, 2011. 120(1): с. 113–20.

  • 83.

    Hulbert A, et al. Раннее выявление рака легкого с использованием гиперметилирования промотора ДНК в плазме и мокроте. Клин Рак Рез. 2016;

  • 84.

    Chimonidou M, et al. Метилирование промотора CST6 в циркулирующей внеклеточной ДНК больных раком молочной железы. Клин Биохим. 2013;46(3):235–40.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 85.

    Chen L, et al. Гиперметилированные FAM5C и MYLK в сыворотке как маркеры диагностики и предупреждения рака желудка. Дис маркеры. 2012;32(3):195–202.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 86.

    Melson J, et al. Общность и различия признаков метилирования в плазме больных раком поджелудочной железы и колоректальным раком.Инт Джей Рак. 2014;134(11):2656–62.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 87.

    Тянь Ф. и др. Гиперметилирование промотора генов-супрессоров опухолей в сыворотке крови как потенциальный биомаркер для диагностики карциномы носоглотки. Эпидемиол рака. 2013;37(5):708–13.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 88.

    Powrozek T, et al. Метилирование промоторной области DCLK1 в циркулирующей свободной ДНК и его прогностическое значение у больных раком легкого.Clin Transl Oncol. 2015 г.;

  • 89.

    Powrozek T, et al. Метилирование промоторной области DCLK1 в циркулирующей свободной ДНК и его прогностическое значение у больных раком легкого. Clin Transl Oncol. 2016;18(4):398–404.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 90.

    Клотен В. и др. Гиперметилирование промотора генов-супрессоров опухолей ITIH5, DKK3 и RASSF1A в качестве новых биомаркеров для скрининга рака молочной железы на основе крови.Рак молочной железы Res. 2013;15(1):R4.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 91.

    Chiappetta C, et al. Использование нового поколения капиллярного электрофореза для количественного определения циркулирующей свободной ДНК при немелкоклеточном раке легкого. Клин Чим Акта. 2013; 425:93–6.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 92.

    Szpechcinski A, et al.Уровни и целостность бесклеточной ДНК в плазме у пациентов с рентгенологическими данными грудной клетки: НМРЛ по сравнению с доброкачественными узлами в легких. Рак Летт. 2016;374(2):202–7.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 93.

    Shao X, et al. Количественный анализ внеклеточной ДНК при раке яичников. Онкол Летт. 2015;10(6):3478–82.

    ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar

  • 94.

    Андольфо I и др. Обнаружение вариаций числа копий erbB2 в плазме пациентов с карциномой пищевода. БМК Рак. 2011;11:126.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 95.

    Papadopoulou E, et al. Внеклеточная ДНК и РНК в плазме как новый молекулярный маркер рака простаты и молочной железы. Энн Н.Ю. Академия наук. 2006; 1075: 235–43.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 96.

    Дюмаш Р. и др. Молекулярное обнаружение рака предстательной железы в образцах плазмы с помощью анализа метилирования глутатион-S-трансферазы P1 (GSTP1). Клин Лаборатория. 2014;60(5):847–52.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 97.

    Minciu R, et al. Молекулярная диагностика рака предстательной железы из биологических жидкостей с использованием метода ПЦР, специфичного к метилированию (МС-ПЦР). Клин Лаборатория. 2016;62(6):1183–6.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 98.

    Cassinotti E, et al. Паттерны метилирования ДНК в крови больных колоректальным раком и аденоматозными колоректальными полипами. Инт Джей Рак. 2012;131(5):1153–1157.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 99.

    Shan M, et al. Обнаружение аберрантного метилирования панели из шести генов в ДНК сыворотки для диагностики рака молочной железы. Онкотаргет. 2016;7(14):18485–94.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 100.

    Хуанг Г. и др. Оценка метилирования промотора INK4A с использованием пиросеквенирования и циркулирующей бесклеточной ДНК пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой. Clin Chem Lab Med. 2014;52(6):899–909.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 101.

    Kuo YB, et al. Сравнение анализа мутаций KRAS первичных опухолей и сопоставления циркулирующей внеклеточной ДНК в плазме пациентов с колоректальным раком.Клин Чим Акта. 2014; 433:284–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 102.

    Spindler KL, et al. Циркулирующая свободная ДНК как биомаркер и источник для обнаружения мутаций при метастатическом колоректальном раке. ПЛОС Один. 2015;10(4):e0108247.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 103.

    Фрейдин М.Б. и др. Циркулирующая опухолевая ДНК превосходит циркулирующие опухолевые клетки для обнаружения мутаций KRAS при злокачественных опухолях грудной клетки.Клин Хим. 2015;61(10):1299–304.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 104.

    Sozzi G, et al. Обнаружение микросателлитных изменений в ДНК плазмы больных немелкоклеточным раком легкого: перспективы ранней диагностики. Клин Рак Рез. 1999;5(10):2689–92.

    КАС пабмед Google Scholar

  • 105.

    Eisenberger CF, et al. Обнаружение аденокарциномы пищевода микросателлитным анализом сыворотки.Eur J Surg Oncol. 2006;32(9):954–60.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 106.

    Castagnaro A, et al. Микросателлитный анализ индуцированной ДНК мокроты у больных раком легкого, у заядлых курильщиков и у здоровых лиц. Exp Lung Res. 2007;33(6):289–301.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 107.

    Андриани Ф. и др. Выявление рака легкого в плазме с использованием множественных генетических маркеров.Инт Джей Рак. 2004;108(1):91–6.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 108.

    Ся П. и др. Снижение содержания митохондриальной ДНК в образцах крови больных раком молочной железы I стадии. БМК Рак. 2009; 9:454.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 109.

    Кадам С.К., Фармен М., Брандт Дж.Т. Количественное измерение ДНК бесклеточной плазмы и применение для обнаружения генетической изменчивости опухоли и метилирования промотора в клинических условиях.J Мол Диагн. 2012;14(4):346–56.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 110.

    Zaher ER, et al. Концентрация и целостность внеклеточной ДНК как инструмент скрининга рака. Индийский J Рак. 2013;50(3):175–83.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 111.

    Danese E, et al. Эпигенетическое изменение: новое понимание, переходящее от ткани к плазме – пример метилирования промотора PCDh20 при колоректальном раке.Бр Дж Рак. 2013;109(3):807–13.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 112.

    Скворцова Т.Е., с соавт. Бесклеточная и связанная с клетками циркулирующая ДНК в опухолях молочной железы: количественная оценка ДНК и анализ метилирования генов, связанных с опухолью. Бр Дж Рак. 2006;94(10):1492–1495.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 113.

    Hoque MO, и др. Обнаружение аберрантного метилирования четырех генов в ДНК плазмы для выявления рака молочной железы. Дж. Клин Онкол. 2006;24(26):4262–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 114.

    Salvianti F, et al. Связанная с опухолью метилированная бесклеточная ДНК и циркулирующие опухолевые клетки при меланоме. Фронт Мол Биоски. 2015;2:76.

    ПабМед Google Scholar

  • 115.

    Рыкова Е.Ю., и соавт. Исследование внеклеточной ДНК опухолевого происхождения в крови онкологических больных методом ПЦР, специфичной к метилированию. Нуклеозиды Нуклеотиды Нуклеиновые кислоты. 2004; 23 (6–7): 855–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 116.

    Mohamed NA, et al. Является ли уровень метилированного RASSF1A в сыворотке ценным для диагностики гепатоцеллюлярной карциномы у пациентов с хроническим вирусным гепатитом С? Араб Дж. Гастроэнтерол. 2012;13(3):111–5.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 117.

    Zhang YJ, et al. Прогнозирование гепатоцеллюлярной карциномы путем обнаружения аберрантного метилирования промотора в ДНК сыворотки. Клин Рак Рез. 2007;13(8):2378–84.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 118.

    де Мартино М. и др. Внеклеточная ДНК сыворотки при почечно-клеточном раке: диагностический и прогностический маркер.Рак. 2012;118(1):82–90.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 119.

    deVos T, et al. Циркулирующая метилированная ДНК SEPT9 в плазме является биомаркером колоректального рака. Клин Хим. 2009;55(7):1337–46.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 120.

    Grutzmann R, et al. Чувствительное обнаружение колоректального рака в периферической крови с помощью анализа метилирования ДНК септина 9.ПЛОС Один. 2008;3(11):e3759.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 121.

    Toth K, et al. Обнаружение метилированного септина 9 в ткани и плазме больных колоректальным раком с неоплазией и связь с количеством циркулирующей внеклеточной ДНК. ПЛОС Один. 2014;9(12):e115415.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 122.

    Поврожек Т. и др. Метилирование промоторной области септина 9 в свободно циркулирующей ДНК-потенциальной роли в неинвазивной диагностике рака легкого: предварительный отчет. Мед Онкол. 2014;31(4):917.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar

  • 123.

    Джин П. и др. Эффективность метилированного теста SEPT9 второго поколения для выявления колоректального новообразования. J Гастроэнтерол Гепатол. 2015;30(5):830–3.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 124.

    Уоррен Д.Д. и др. ДНК, метилированная Septin 9, является чувствительным и специфичным анализом крови на колоректальный рак. БМС Мед. 2011;9:133.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 125.

    Kneip C, et al. Метилирование ДНК SHOX2 является биомаркером для диагностики рака легких в плазме. Дж. Торак Онкол. 2011;6(10):1632–1638.

    ПабМед Статья Google Scholar

  • 126.

    Weiss G, et al. Валидация панели маркеров метилирования ДНК SHOX2/PTGER4 для различения на основе плазмы пациентов со злокачественными и доброкачественными заболеваниями легких. Дж. Торак Онкол. 2017;12(1):77–84.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • 127.

    Chimonidou M, et al. Метилирование промотора SOX17 в циркулирующих опухолевых клетках и совпадающая бесклеточная ДНК, выделенная из плазмы больных раком молочной железы.Клин Хим. 2013;59(1):270–9.

    КАС пабмед Статья Google Scholar

  • 128.

    Lange CP, et al. Открытие в масштабе генома биомаркеров метилирования ДНК для обнаружения колоректального рака по крови. ПЛОС Один. 2012;7(11):e50266.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar

  • .

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *